大家好！QIIME 2 2025年的第二个完整版本（2025.10）现已正式发布！
本次更新干货满满，不仅引入了全新的可视化整合报告功能，还对底层的框架和安全性进行了重要升级。同时，开发团队修复了多个已知问题（包括最新的补丁更新），并为大家带来了关于 2026 年版本的重磅预告。
以下是本次更新的精华解读。
核心亮点：框架与可视化大升级
1. 框架更名与“套娃”报告
QIIME 2 框架（原 Q2F）现正式更名为 rachis。这一变化虽不影响用户操作，但标志着框架通用性的进一步扩展。
最令人兴奋的新功能莫过于 Report（报告）。现在，你可以使用 qiime tools make-report 命令，将多个 .qzv 可视化文件“打包”成一个单一的、可分享的报告文件。支持任意层级的嵌套（就像俄罗斯套娃一样），配合新的 matryoshka_template 模板，从此告别零散的结果文件，让数据展示更加条理清晰。
2. 安全性升级：结果签名
为了提升数据共享的安全性，新版本引入了 Archive v7.1 格式，支持对 QIIME 2 结果进行加密签名。
- 功能： 你可以对自己生成的 Artifacts 或 Visualizations 进行签名，证明数据的创建者身份。
- 应用场景： 当分享包含可执行代码（如 AI/ML 模型、分类器）的结果时，接收方可以通过验证签名来确认来源安全。
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操作： 通过
qiime tools annotation-create添加签名，使用qiime tools signature-verify进行验证（需配合 GnuPG 使用）。
3. QIIME 2 View 体验优化
在线查看器 QIIME 2 View 也迎来了两项贴心改进：
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溯源错误预警： 系统现已接入已知问题数据库。如果你加载的结果受到某些插件版本 Bug 的影响，溯源视图会直接发出警告并告知严重程度。
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数据预览增强： 现在加载
.qza文件（Artifact）时，可以直接预览其包含的数据并提供下载链接，无需转换即可快速查看或导出内部数据。
可视化新宠：Barplot2 登场
在 q2-taxa 插件中，全新的 barplot2 可视化器作为实验性功能正式上线！
这是对旧版 barplot 的全面革新，解决了长期以来的性能痛点，并响应社区呼声增加了 分类单元过滤、样本过滤 以及 特定分类单元层级扩展 等功能。建议大家积极测试并反馈，在下一个版本中，它有望完全取代旧版条形图。
2026.1 版本前瞻：接口变动预警
为了统一元数据的引用规范，计划于 2026.1 发布的版本将进行一次大规模的接口“拆迁”。虽然这会影响现有的脚本，但将长远地提升使用体验。
主要变动计划如下：
| 插件 | 变动预告 |
|---|---|
| 整体变更 | 大量动作中的参数将被重命名为 metadata 以保持一致。 |
| q2-dada2 |
denoise-single 和 denoise-paired 中的 --p-n-reads-learn 将被 --p-n-bases-learn 取代，以对齐 DADA2 原生行为。 |
| q2-feature-classifier |
vsearch-global 的 --maxrejects 默认值将发生调整。 |
| q2-feature-table |
group 动作将强制要求输出分组元数据；summarize-plus 将被移除（其功能合并回 summarize）。 |
| q2-taxa | 现有的 barplot 将被重命名为 barplot-old，新的 barplot2 将正式转正。 |
开发者请注意： 从 2026 年起，Python 版本的更新频率将调整为 每年最多一次（仅限 4 月版本）。请插件开发者利用 10 月至次年 4 月的窗口期进行兼容性适配。
插件与功能详细更新清单
除了上述大动作，各常用插件也进行了精细的打磨和修复：
| 插件/模块 | 更新详情 |
|---|---|
| q2-dada2 | 新增去噪过程中的“碱基转换错误率”输出，并配套了 plot-base-transitions 可视化器。 |
| q2-demux |
filter-samples 新增 --p-remove-empty 选项，可自动剔除空的 fastq 文件；优化了过滤后无样本残留时的错误提示。 |
| q2-diversity |
shannon-entropy（香农熵）新增 base 参数。虽然默认底数仍为 2，但用户现在可指定 e 以匹配 vegan 或 scikit-bio 的结果。（注：不同底数仅影响数值大小，不影响样本间的相对排名）。 |
| q2-phylogeny |
iqtree 和 fasttree 流程现已暴露 parttree 和大型 MAFFT 参数；root-at-midpoint 更新默认值以消除警告。 |
| q2-feature-table |
tabulate-seqs 统计逻辑优化，仅计算含 DNA 序列的记录；subsample_ids 增加随机种子参数，提升可重复性。 |
| RESCRIPt |
PR2数据库： 移除旧版，现支持下载 PR2 5.1.0； MIDORI2： 支持获取 2025 年最新的参考序列； Eukaryome： 新增 get-eukaryome-data 动作，支持下载 SSU/LSU/ITS 及长读长数据。 |
| q2-types | 更加严格的双端测序验证（要求正反向 reads 数量一致）；从 q2-assembly 迁移了多个整理（collation）动作以便通用。 |
| 发行版更新 | 新增 q2-boots, q2-fondue, q2-kmerizer (Amplicon发行版) 以及 q2-fastp (Moshpit发行版)。 |
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注：本文基于 QIIME 2 2025.10 官方公告及 11 月 11 日发布的补丁日志整理。
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新功能亮点
-
QIIME 2 View：增加基于溯源的错误报告机制，可更直观地查看
.qza文件内容。
- 框架更新：QIIME 2 Framework 更名为 rachis，新增 Report 可视化类型，可将多个结果整合为一份报告。
-
插件更新：
- q2-dada2：增加碱基转换错误率的输出与可视化。
- q2-demux：提供去除空样本的选项。
- q2-diversity-lib：Shannon 多样性指数允许自定义对数底数。
- q2-taxa：推出实验性的
barplot2，支持更灵活的分类与样本过滤。
- 安全性提升：Archive v7.1 格式支持结果加密签名，用户可验证结果来源与完整性。
新增插件
| 分发版本 | 新增插件 |
|---|---|
| amplicon | q2-boots, q2-fondue, q2-kmerizer |
| moshpit | q2-fastp |
总结
QIIME 2 2025.10 不仅带来了功能扩展，还在框架、接口和安全性上进行了深度优化。对于研究者而言，这意味着：
- 更统一的参数命名和更合理的默认值，降低学习成本；
- 更强的可视化与报告功能，方便结果展示与分享；
- 更安全的结果共享机制，确保数据来源可信；
- 新插件的加入，扩展了分析能力。
这次更新为即将到来的 2026.1 版本做好了铺垫，研究者应尽快熟悉新参数与功能，以便平稳过渡。
