最有效的治疗是手术切除病变，良性或恶性肿瘤均可手术切除，约95%病例的病变可做完整切除。对于中、晚期肝恶性肿瘤也有很多治疗方法可以选择，包括靶向药物治疗、化学药物治疗、经肝动脉化疗栓塞(TACE)、手术治疗等。
关于药物治疗
1、靶向药物治疗
作用是抑制肿瘤细胞生长，延长患者的生存时间。常用药物包括索拉菲尼、瑞戈非尼等。
2、化学药物治疗
作用是杀死癌细胞或抑制其生长。常用药物包括奥沙利铂、顺铂等。肿瘤相对的对放疗不敏感，联合应用顺铂与多柔比星对肝母细胞瘤有效，可使不能切除的肿瘤转变为能手术切除的病变，并可清除肺转移灶。
关于手术治疗
1、肿瘤切除手术
作用是切除生长于肝脏的肿瘤。适用于身体素质能够耐受手术的肝良性肿瘤患者。
2、肝切除
可以直接切除肝脏内肿瘤。适用于没有患过肝硬化、肿瘤尚未入侵血管或者肿瘤还没有扩散到肝脏以外地方的原发性肝癌患者。
3、肝移植
肝移植是最佳治疗方法，为患者替换正常的、没有肿瘤的肝脏。但肝移植找到合适的配型肝脏比较困难，且需耗费大量金钱。多适用于中、晚期肝肿瘤患者
一般手术后4～6周肝组织可迅速修复，此时应复查CT及AFP和B超以作为日后复查的基础。
其他治疗方法
1、消融治疗
通过射频、微波、冷冻、酒精等方法来杀死癌细胞。适用于早期原发性肝癌患者。
2、经肝动脉化疗栓塞术(TACE)
向肝动脉中注射一些化学药物，不仅可以堵塞住为肿瘤提供的营养和血管, 还可以通过药物杀死癌细胞。适用于多发的原发性肝癌患者。是公认的、能有效延长晚期肝癌患者生存期的治疗方式之一。
广泛的良性肝肿瘤不能行肝切除者，目前尚无有效疗法。对侵及左、右肝叶的不能切除的血管瘤患儿，对引起心力衰竭的肝血管瘤如不能切除，可做肝动脉结扎。目前主张做肝动脉插管栓塞治疗。
关于预后
1、肝良性肿瘤患者，若不接受相关治疗，不影响寿命，但随着肿瘤增大可能会影响正常生活。肝恶性肿瘤患者若未接受相关治疗，生存期一般小于6个月，生存5年以上者仅占5%~ 9%。
2、肝良性肿瘤经过正规治疗后，治疗效果一般较好，极少发生恶变。早期肝恶性肿瘤经过正规治疗后，生存5年以上者可提高至50% ~80%，中、晚期的肝恶性肿瘤患者通过综合治疗后，生存5年以上者也可达20% ~ 44%。
3、其他原发性肝肿瘤常见的有：海绵状血管瘤及血管内皮细胞瘤两种，前者因肿瘤生长可压迫肝组织使肝细胞变性，肿瘤内有动静脉短路时，可致小儿心力衰竭或因肿瘤破裂出血死亡。血管内皮细胞瘤可因肿瘤生长慢而无临床症状。
