Linux对批量文件执行某操作

find ~/input/Yunnan15nation/ -print | grep 'bam$' > ~/input/Yunnan_dir.txt    #把目标文件名写进dir.txt
cat ~/input/Yunnan_dir.txt |while read line
do
        dir_prefix=$(dirname $line)     #将函数结果返回给变量的时候用$() 包住函数
        midname=$(basename $line .bam)
samtools mpileup -q 1 -d 8000  -f ~/input/GRCh37.75_reference/human_g1k_v37_decoy.fa  $line | varscan  mpileup2snp  --min-coverage 3 --min-reads2 1 --min-avg-qual 20  --p-value 0.99  --min-var-freq 0.01  --output-vcf 1>${dir_prefix}${midname}.varscan.snp.vcf
echo "hava done ${dir_prefix}${midname}" >>"~/bash/Yunnan15.log"
done

最后编辑于：2021.05.21 11:00:07

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