中世纪博洛尼亚大学的声誉已在欧洲传播开，成为学者们向往的学术圣地。
该校创建于1088年。11世纪博洛尼亚聚集了众多被称为注释者的语法学、修辞学和逻辑学的学者，评注古老的罗马法法典，有了法律学院。神圣罗马帝国皇帝腓特烈一世1158年颁布法令，规定大学不受任何权力影响，作为研究场所享有独立性。11至12世纪著名人物有依内里奥、托马斯，阿奎那。
14世纪开始又迎来众多逻辑学、天文学、医学、哲学、算术、修辞学以及语法学的学者。1317年制定最早的大学章程。众多科学和文学史上的名人都在此求学、研究或从事教学，最著名的有但丁、彼德拉克、赫里索洛拉斯、达斯科利、萨卢塔蒂。
15世纪学校小规模收缩，但保留了很多像阿尔怡托这样著名的学者，同时开始了希腊文和希伯来文的教学。这一时期著名人物有哥白尼、(艺术理论家)阿尔贝蒂、(哲学家)伊拉斯谟、丢勒、米兰多拉。
16世纪学校开创了被称为“自然魔法”的教学，即今天的实验科学。彼得罗・蓬波纳齐通过自然科学的研究向传统的神学发出挑战;乌利塞・阿尔德罗万迪奠定了自然科学的基础，对药理学的发展有重要贡献。大学成为代数学研究的中心，代表人物有卡尔达诺和费罗。16及17世纪，加斯帕雷，塔利亚科齐开始了整形外科最初的研究;马尔切洛，马尔比基开始利用显微镜进行入体解剖学的教学研究。他们的努力使医学在这段时期有了巨大进步。其他代表人物还有乔凡尼・多美尼科，卡西尼和卡瓦列里。
18世纪工业革命中，该校对推动科学技术发展做出了独特贡献。伽伐尼、伏打、本杰明・富兰克林、卡文迪许等人共同开创了现代电气时代。意大利统一后，该校迎来了又一个学术高峰期，著名学者有乔瓦尼・卡佩利尼、乔瓦尼・帕斯科利、费代里戈，恩里克斯、奥古斯托，穆里、哥尔多尼。
19世纪代表人物有意大利医师与科学家卡密罗・高尔基、诺贝尔文学奖得主卡尔杜奇。20世纪代表人物有古列尔莫，马可尼、斯蒂法诺・多梅尼卡利、翁贝托・埃可、罗马诺，普罗迪。
博洛尼亚大学保持着世界文化学术界的中心位置，直到两次世界大战的爆发，研究和教育的重心转移。然而在发达国家的教育体系不断更新和发展的过程中，它一直担任着举足轻重的角色。
