linux安装软件

如何 安装软件

conda（相当于app store）

1.安装

1.下载：百度/谷歌搜索“miniconda 清华”（是清华的conda镜像网站）https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/

2. 查看linux版本uname -a

3.找到最新版本的sh（latest），右键-复制下载链接

4.进入biosoft目录（生信软件）

sh是脚本（就是一个程序，后台的代码）文件的后缀，如果安装失败了，这个脚本不需要重新下载的，还可用

5.wget +链接

6.bash +刚刚下载的sh文件

7.激活：source ~/.bashrc

8.添加镜像：

#使用中科大的镜像
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes

2.应用

查看所有软件：conda list

安装软件（相当于下载app）

conda install fastqc -y【-y是yes，安装过程中conda问你的问题全部回答yes

卸载软件conda remove fastqc -y

3.conda 环境

conda info --envs

用一个文件夹处理RNA-seq时，可以在此路径加上conda环境

建立一个名叫rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomaticcond： create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y