一、了解conda--“linux的应用商店”
软件管理Miniconda:相当于App store,90%以上的软件都能搜到二、下载conda
=》进入:https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/
=〉查看服务器是多少位的:【uname -a】
=》找到最新的64位版本
=〉右键-复制下载链接
=》登陆服务器,进入昨天建好的biosoft目录 【cd ~/biosoft】
=〉下载miniconda 【wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-py39_4.9.2-Linux-x86_64.sh】
三、安装和配置miniconda
=》【bash Miniconda3-py39_4.9.2-Linux-x86_64.sh】直接bash Minixxx.sh,而不是http网址。
=〉回车跳过版权信息
=》提示安装开始【“Do you accept the license terms? [yes|no]”】
=〉提示安装成功【“Thank you for installing Miniconda3!”】
=》激活conda【source ~/.bashrc】
=〉成功激活【conda】后出现满屏信息。
=》添加镜像(所谓镜像网站,相当于主网站的副本,conda在国外,我们在国内下载软件速度会很慢,因此配置镜像,从镜像网站下载,可以加快下载速度。)
【conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes】
四、查看已安装的软件、搜索、安装、卸载fastqc软件
=》查看当前服务器上安装的所有软件列表 【conda list】
=〉安装软件fastqc 【conda install fastqc -y】(-y是yes,安装过程中全部回答yes)
=》搜索conda数据质控软件fastqc【conda search fastqc】
=〉卸载软件fastqc【conda remove fastqc -y】
五、不同的生信实战项目,需要定制conda的分身
=》查看当前conda有哪些环境【conda info --envs】 (前面带*的就是默认的)
=〉处理转录组数据,先建立一个名叫rnaseq的conda环境,指定python版本是3,安装软件fastqc、trimmomatic。【conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y】
=》再次查看一下conda环境【conda info --envs】
=〉激活新的conda环境【conda activate rna-seq】
=》开始使用fastqc【fastqc】
=〉退出当前环境【conda deactivate】