学习小组Day3笔记--lele

昨天是学会装系统——Linux,那今天就相当于下载一个软件商店——Miniconda,并且学习了如何安装软件。

如何下载Miniconda

1.用uname -a代码查看服务器是几位的


2.百度搜索miniconda 清华,找到对应版本,复制链接(key word:latest ,Linux,sh)https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/

3.输入wget 鼠标右键点击,粘贴复制的网址

如何安装Miniconda

1.bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh,这里在下图手动输sh,然后回车,就开始安装了。。中间会出现很多的版权信息,按回车跳过它们,在需要输yes的地方手动yes一下,图二显示的就是安装完成。

2.激活——source ~/.bashrc

3.命令行继续输入conda,显示一大串信息,说明成功。

4.添加镜像,把下面的代码全部复制到命令行,粘贴、回车。

使用清华镜像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

如何使用conda

1.查看服务器上安装的所有软件列表 conda list

2.搜索conda软件fastqc, conda search fastqc
  1. 安装软件 conda install fastqc -y 【-y是yes,安装过程中conda问你的问题全部回答yes】如果想要具体到版本号,可以(conda install fastqc=0.11.7 -y)

    4.卸载软件 conda remove fastqc -y

conda环境

1.查看当前环境——conda info --envs


2.创建环境(假设要创建一个用来rna-seq的conda环境) conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y

创建完之后可以用命令conda info --envs查看一下,带是默认,这里base还是默认

3.激活环境 conda activate rna-seq,这时默认的
就会转移到rna-seq前,并且在用户名root前面出现了(rna-seq),这时在输入fastqc,如果出现大片信息提示,说明就可以正常使用了

4.退出当前环境,conda deactivate (操作在上图)

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