它是以十二经脉肘膝以下的六十六个经穴为基础，根据出井、溜荥、注输、行经、人合的气血流注、盛衰开阖的道理，配合阴阳、五行、天干、地支等逐日按时开穴的一种针刺取穴配方法。
子午流注选穴配方针法作为“因时制宜”的法则，注重和强调择时与选穴两个方面。人在自然环境中，外界的温热寒凉与朝夕光热的强弱对人体的气血流注有着不同的影响，而人体对其影响则相应地产生了“节奏反应”的生理现象，择时就是依据气血流注的盛衰时间为主体，选穴则优选十二经疗效最佳的五输穴，二者结合，就是子午流注选穴配方针法的中心内容。
子午是指时间而言，它是地支中的第一和第七数。子为夜半，午为日中，是阴阳对立的两个名词，是古代人们用来记述年、月、日、时的符号。子为阳之始，午为阴之始。如以一年为例，子是十一月，午为五月，冬至在十一月，夏至在五月（农历）；以气候言之，子时寒，午时热，再以一天言之。子为夜半的23～1点，午为日中的11～13点，可见子午含有阳极生阴，阴极生阳的意义，说明了子午是阴阳转化的起点与界线。
流注二字，流指水流，注指注输，在这里是将人体的气血循环比做水流，以井，荥、输（原）、经、合来作比喻，指出水之发出为井，渐成细流为荥，所注为输，所行为经，然后汇合入于泽海，用来表示脉气的流注过程。
子午流注是将机体的气血循行，周流出入，比拟水流，或从子到午，或从午到子，随着时间先后的不同，阴阳各经气血的盛衰，也有固定的时间，气血迎时而至为盛，气血过时而去为衰，泻则乘其盛，补则随其去，逢时为开，过时为阖，定时开穴，以调和阴阳，纠正机体的偏盛偏衰来治疗疾病。可见子午流注是在人与自然的理论指导下，逐渐演变所创立起来的具有独特意义的一种针刺取穴法。
而其中又分为纳支法和纳干法，纳支法是一种广义的取穴法，它比纳干法推算简易。此法是以一天的十二时辰为主，不论每一个时辰配合什么天干，也不论时辰所属的阴阳，而仅按着一天中的时辰顺序，去配合十二经的气血流注，用井荥输经合的五行关系，通过补母泻子的方法达到治疗的目的，它的具体运用，可分为两种：
（1）补母泻子取穴：
它是根据脏腑配合时辰，结合各经症状的虚实，通过十二经的井荥输经合的五行关系，按着“虚则补其母，实则泻其子”的原则，来取穴治疗的。
（2）按时循经取穴：
它是以一天分为十二时辰，一个时辰分配一经，即寅属肺，卯属大肠，辰属胃，巳属脾，午属心……。当某经发生疾患，即于某时采取某经的经穴治疗。
子午流注针法，在床运用方面，虽然有上述的规律，但决不能离开证状，不分病情，死板固定的某时即取某穴治疗，而要在逐日按时开穴的基础上，根据病情证状，结合腧穴主治功能，灵活地运用，只有这样才能更好地发挥流注针法的效能。
