这几天在跑重测序的流程，自己去年的这个时候整理过，之后在几个服务器上都跑过，没出现什么问题，然而又换了一个服务器之后在picard排序和标记(PCR)重复这两步频繁报错。报错信息如题，起初以为是磁盘容量不够，但查询之后发现还剩很多，折腾了大半天之后在谷歌上找到了解决办法，见https://www.biostars.org/p/42613/。
原命令
java -Xmx2g -jar ${picard_path} SortSam I=${bam_info}.bam O=${bam_info}.s.bam SO=coordinate
java -Xmx2g -jar ${picard_path} MarkDuplicates I=${bam_info}.s.bam O=${bam_info}.sm.bam M=${bam_info}.markdup_metrics.txt
修改之后
java -Xmx2g -Djava.io.tmpdir=./tmp -jar ${picard_path} SortSam I=${bam_info}.bam O=${bam_info}.s.bam SO=coordinate TMP_DIR=./tmp
java -Xmx2g -Djava.io.tmpdir=./tmp -jar ${picard_path} MarkDuplicates I=${bam_info}.s.bam O=${bam_info}.sm.bam M=${bam_info}.markdup_metrics.txt TMP_DIR=./tmp
