胎儿在未出生前于羊膜内受到很好的保护，除了少数一些先天性感染的微生物，可以经由胎盘感染胎儿外，正常情况下羊膜内是无菌的状态，因此胎儿在此期间是最安全的；一旦破水或出生后就暴露在外界的环境中，开始与许多微生物发生接触，就有机会发生感染疾病。
婴儿出生后即面临被微生物感染的危机，要如何化解？此时人体的免疫系统就扮演举足轻重的角色。
在我们的肠胃道内有许多细菌，一方面细菌可以产生一些有益的物质，增进人体的健康，另一方面细菌也可以由健康体的肠胃道内取得营养，达到互获其利的状态，这是人与微生物之间最完美的组合。另一种方式则是共生，微生物在人体内只取得维持生存及繁殖的养分，并不会让人产生任何不适应症或疾病，进入和平共外的境界。最后一种方式则是寄生，微生物在人体内除了利用养分外，还会对人的器官千万破坏，产生疾病，甚至死亡，成为两败俱伤的局面。
对免疫功能的认识
根据以往的经验发现有些感染疾病，一生只会得到一次，得过了就不会再感染，例如麻疹、水痘等疾病。之后有些研究发现人被感染之后，血液中会产生一些物质可以中和细菌所释放出来的毒素，称之为“抗毒素”；或是制造一些可以对抗细菌的专一性蛋白质，也就是后来被称为“抗体”的东西。后来，人类开始了解免疫系统对于会引起感染疾病的微生物具有抵抗作用，可以防止再次被感染。
人的免疫功能是与生俱来的，取决于父母的基因，无法改变；但有时可能因为基因发生突变而千万免疫基因的改变，使免疫功能出现问题。不过目前人类再过数十年后，可能对很多免疫系统的基因及其作用了解得更清楚，到时一些先天性免疫系统缺乏的疾病，就可能有治疗方法，甚至可以发展出加强功能的药物，使人体对微生物具有较强的抵抗力。
