段祺瑞在东交民巷密令驻通州的唐之道第9师放弃通州撤返北京，唐之道接受命令，率军回师北京。鹿钟麟迫于形势，为保存实力不得不决定撤出北京。他事先通知平素有联系、居留在北京的国民党和共产党上层人士，请他们以及他们认为有必要的人，先行离开北京或者随部队退往南口再定去向。李大钊不离不弃，鹿钟麟担心他的安全，特去敦促他和部队同行，李大钊极其坚定地说：“我们从事革命工作的，生死早置之度外！你们撤出北京以后，留下来的革命工作更重要了，更须努力了，我们怎么能放弃这个责任呢？危险固然免不了，但是为了革命，不能因为危险就不干了。”
15日晚，鹿钟麟率领西北军退出北京。
16日，段祺瑞密令唐之道军分两队入城，一队进驻鹿钟麟的警卫总司令部；一队进驻天坛。当天，段祺瑞从东交民巷返吉兆胡同。
奉军、直鲁联军和吴军都向北京疾进，奉军进驻北京城东北郊，吴军进驻北京西南郊，直鲁联军进驻北京东南郊。
19日下午5时，段祺瑞在私邸召开会议，决心下野。6时，携眷及亲信赴东交民巷暂驻。20日下午1时半乘专车赴津。行前发布命令：自即日起着由国务院摄行临时执政权，此令。
段祺瑞下野，吴佩孚支持颜惠庆在北京怀仁堂宣布复职，并依法摄政。新内阁以吴佩孚、孙传芳和张作霖三派的人联合组成，奉方以冷淡态度对付政局，奉系的阁员自然表示退让。
