今天帮学医的同学配一下环境, 踩了很多坑, 流程记录一下
1. 安装 ubuntu
- 百度下载 vmware workstation 最新版
- 网易镜像下载 ubuntu 14.04.5
- 在 vmware 中安装 ubuntu
- 之后
apt-get install可能会遇到访问外网网速慢的问题,可以修改阿里云源, 参考链接
2.安装 cmake
在cmake 官网下载最新版 cmake 压缩包cmake-3.12.2.tar.gz
解压至 Download 文件夹
其中宿主机(win 或 mac) 可以和 vmware 无缝拷贝文件
3. ubuntu 装一些软件包(要查找 Terminal 应用并锁定在左边 dock 栏)
sudo apt-get install g++ 安装支持c++11的g++ 4.8.4
sudo apt-get install vim vim 是代码编辑器
cd cmake-3.12.2 其中 cd 的意思是进入指定文件夹
./bootstrap --prefix=/usr/local/cmake/ 先执行配置
配置成功的话就可以开始安装了(不成功的话拿着报错信息去 google) . csdn 博客基本都是复读机参考价值比较有限
makesudo make install
4. 如果上一步安装成功了,cmake 还没办法立即使用,需要把它加入环境变量
sudo vim /etc/profile
然后按大写字母 G 转到最后一行, 按键盘上的i进入输入模式,输入
#cmake
export PATH=$PATH:/usr/local/cmake/bin
然后按ESC键,输入wq!再 enter即保存成功.
这就是 vim 的编辑方式,
vim xxx.file=>insert some words=>wq!退出
修改完PATH这个环境变量后还需要让他立即生效, 执行
source /etc/profile
cmake --version
成功输出版本号则 cmake 安装成功
以后什么时候提示找不到 cmake的话就再执行一次
source /etc/profile
5. 安装 python 依赖包(等会 VMTK 要用)
python --version可以看到 ubuntu14.04.5自带 python2.7
接下来安装
sudo apt-get install python-dev libqt4-dev
sudo mkdir /usr/lib/python2.7/config/
sudo cp /usr/lib/python2.7/config-x86_64-linux-gnu/libpython2.7.so /usr/lib/python2.7/config/libpython2.7.so
6.开始着手安装 VMTK (基本是按照官网流程)
sudo apt-get install git
cd ~/Downloads
git clone https://github.com/vmtk/vmtk.git
sudo apt-get install libxt-dev libgl1-mesa-glx libgl1-mesa-dev libglapi-mesa libosmesa-dev build-essential
mkdir vmtk-build
cd vmtk-build
cmake ../vmtk -DPYTHON_INCLUDE_DIR=/usr/include/python2.7 -DPYTHON_LIBRARY=/usr/lib/python2.7/config/libpython2.7.so
make -j2 #这一步会很慢, -j2已经是双核加速了 视不同机器而定可能还是还是要很久
7. 执行 Vessel 程序
cd ~/Downloads
git clone https://github.com/jackyko1991/Vessel-Centerline-Extraction.git
cd Vessel-Centerline-Extraction
vim CMakeList.txt
按 i 进入编辑模式,需要修改如下三行红色字符串部分:
注意我的用户名是
lxx 所以路径是/home/lxx ,你的用户名是 x 的话就是/home/x/Downloads/vmtk-build/VMTK-Build,共需修改3行, 改好后:wq!保存退出
cmake .
make
./CenterlineExtraction test_data/left/lumen.stl
成功输出血管图像!
