前面几个内容是指蛋白和小分子的处理过程，接下来一个非常重要的步骤是如何确定对接的位点，这也是整个分子对接过程中的重点。如果你能够找到原结晶的配体，那么最方便的方法就是按照共结晶配体的位置确定对接位点，如果没有，那就需要查阅文献或者根据自身的经验来确定这个对接位点。当然，目前也有很多的关于位点选择的预测方法，供大家参考。下面我们结合共结晶配体来对对接位置进行设置。

1 首先确定共结晶配体的三维结构的位置，这里面介绍个比较繁琐但是会保险一点的方法，就是根据PDB文件中的XYZ轴的数据计算下配体的在每个坐标轴的平均值，这样就大致属于配体的中心结构；由此便可以大致确定下对接位置的中心坐标

2 打开AutoDockTools，依次点击Grid-Macromolecule-Open，打开已经预处理好的蛋白文件，可以设置为卡通格式；

3 点击Grid Box，然后生成格点空间，下面开始对格点中心坐标，距离中间点的位置和格点间隔进行设置，其中格点间隔在Vina默认设置为1；

4 对格点文件进行保存；

5 将格点文件GPF保存在默认文件夹中；

好了，以上就是对接位置的设置，这是非常重要的步骤；但是大部分时候要根据自己的具体情况设置数据，但是设置的步骤就是这样的。好了，如果有问题可以关注木初专栏，互相交流。