【置顶】BioAider V1.527 新版来袭

新版本更加稳定,颜值更高,推荐大家使用。

新版特性概要如下:

一、添加新功能

1. 提供基于核苷酸序列K-mer特征的层次聚类分析工具。

2. 在“Mutation Analysis”的Linked模式下,添加核苷酸、密码子和氨基酸的可选项。

3. 在“Mutation Analysis”中,对于密码子数据,增加一个输出结果,可以用来辅助绘制突变棒棒糖图。

4. 支持相同窗口多开,多个类似分析无需重复启动程序。

5. 打包一些经典的字符界面程序为图形化软件(以插件形式)

    5.1. 添加IQ-Tree、MrBayes、ModelFinder的图形界面,促使这些软件快速上手。

    5.2. 新增模型参数转换工具,在对序列数据进行分区建树时,轻松为IQ-Tree和MrBayes准备模型文件。

    5.3. 增加Blast管理平台。极大简化数据库构建和序列比对,并提供便捷的数据库管理条目。

6. 提供高效的电子实验室笔记本,以支持记录实验和管理实验。

7. 增加软件版本更新检测,包括手动和自动两种。

8. 支持更改软件的字体和字体大小。

9. “Sequence Vary”下增加密码子提取功能,包括两种模式,(1, 2 , 3) 和(1 + 2, 3)。

10. 支持添加和删除快捷方式,在使用BioAider的同时启动其他软件。

二、修复先前版本1.423中的bug

1. “Repeat Fragment Search”功能在BioAider V1.423 中无法使用。

2. “Remove High-Similar sequences”在BioAider V1.423中无法使用。

3. 主界面的文件目录系统无法自动更新。

4. 软件界面上的一些显示bug。优化交互操作,美化界面,在追求颜值的道路上越走越远。

码代码累了,放几张图:

IQ-Tree图形化界面


MrBayes图形化界面


Blast管理平台


BioAider V1.527里有趣的功能

1. 电子实验记录本

听说不少人喜欢做电子笔记,觉得整理起来麻烦,笔者特意写了这个功能。

一个简洁的界面,没有太复杂的输入(过犹不及,复杂还不如直接用WPS或者Word)。记录实验记录生成后,会自动统一格式。

这个工具的目的是:在做分析跑数据的时候,快速把重要的参数做个文字记录或者截个图,用于后期保存和管理,对付导师的检查


2. 另一种聚类树?

某一天笔者突发奇想:基于序列的K-mer矩阵(特征),结合数据无量纲化操作,再结合层次聚类分析(无监督机器学习的一种),探索病原序列的聚类关系。

于是,一个类似进化树的东西就生成了。说实话,笔者觉得这个聚类还挺准确的。

轮子已经造好,供大家探索使用。

嗯,其他功能大家自行探索,新版本已上传Github,还是熟悉的地址:

https://github.com/ZhijianZhou01/BioAider/releases

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