好用的数据库推荐-miRNA数据库

在解螺旋的公众号看到这个工具感觉很有用,觉得可以安利一波。
最近接到曾老师的任务看非编码RNA调控相关的文献,写读书笔记,天知道我自己课题方向的论文都没有看很多,捂脸,但是,关于表观调控方面一直是研究的热点,未知之谜也很多。
刚好自己的课题将来也涉及相关的内容,还是可以探索一下的。

闲话少说,正题:这个数据库就是华中科技大学郭安源教授课题组开发的miRNA SNP V3
链接:http://bioinfo.life.hust.edu.cn/miRNASNP/#!/

数据库主页

来看一下,它能做什么呢?
比如在搜索框输入关键词,看文献的时候看到线粒体肌病相关一个mi-RNA:很重要,来看看输进去有什么结果

其实在搜索框中浅灰色已经有提示了,可以查miRNA/Gene/SNP,在看看示例的数据搜索框下方有3个示例,可以一一点开来看看:


第一个hsa-miR-10b-5p的搜索结果

分成4个模块展示分别是最上方的,miRNA detail,Target gain with SNP in seed, Target loss with SNPs in seed以及Target genes enrichment analysis.
当前页面展示的是默认的第一个模块的内容,关于这个miRNA的目前已知的相关信息,包括序列信息,表达信息,还有药敏相关结果,真的是很棒了。
然后是第二个模块:


靶向上调的SNP相关信息

第三个模块:
靶向下调的SNP相关信息

第四个模块


富集互作基因相关信息

当然了,关于小RNA的研究策略还有很多,生信技能树的专题目录了解一下。

  • 首先了解一下circRNA背景知识
  • circRNA芯片分析的一般流程
  • ceRNA-芯片分析的一般流程
    。。。
    其实这个东西是我12月18号看的,当时就想记录下来,这几天在写文章,补实验,还要做作业,简直太充实了,时间都不够用。昨天把初稿交给老板审核,今天反馈说我应该把除了阳性的阴性结果也整理写上去,增加点工作量,好吧。绘图组合图又是一个痛点,好在有技能树的团队贡献的B站视频,又能好好的学一学了。

友情宣传

©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者
  • 序言:七十年代末,一起剥皮案震惊了整个滨河市,随后出现的几起案子,更是在滨河造成了极大的恐慌,老刑警刘岩,带你破解...
    沈念sama阅读 218,122评论 6 505
  • 序言:滨河连续发生了三起死亡事件,死亡现场离奇诡异,居然都是意外死亡,警方通过查阅死者的电脑和手机,发现死者居然都...
    沈念sama阅读 93,070评论 3 395
  • 文/潘晓璐 我一进店门,熙熙楼的掌柜王于贵愁眉苦脸地迎上来,“玉大人,你说我怎么就摊上这事。” “怎么了?”我有些...
    开封第一讲书人阅读 164,491评论 0 354
  • 文/不坏的土叔 我叫张陵,是天一观的道长。 经常有香客问我,道长,这世上最难降的妖魔是什么? 我笑而不...
    开封第一讲书人阅读 58,636评论 1 293
  • 正文 为了忘掉前任,我火速办了婚礼,结果婚礼上,老公的妹妹穿的比我还像新娘。我一直安慰自己,他们只是感情好,可当我...
    茶点故事阅读 67,676评论 6 392
  • 文/花漫 我一把揭开白布。 她就那样静静地躺着,像睡着了一般。 火红的嫁衣衬着肌肤如雪。 梳的纹丝不乱的头发上,一...
    开封第一讲书人阅读 51,541评论 1 305
  • 那天,我揣着相机与录音,去河边找鬼。 笑死,一个胖子当着我的面吹牛,可吹牛的内容都是我干的。 我是一名探鬼主播,决...
    沈念sama阅读 40,292评论 3 418
  • 文/苍兰香墨 我猛地睁开眼,长吁一口气:“原来是场噩梦啊……” “哼!你这毒妇竟也来了?” 一声冷哼从身侧响起,我...
    开封第一讲书人阅读 39,211评论 0 276
  • 序言:老挝万荣一对情侣失踪,失踪者是张志新(化名)和其女友刘颖,没想到半个月后,有当地人在树林里发现了一具尸体,经...
    沈念sama阅读 45,655评论 1 314
  • 正文 独居荒郊野岭守林人离奇死亡,尸身上长有42处带血的脓包…… 初始之章·张勋 以下内容为张勋视角 年9月15日...
    茶点故事阅读 37,846评论 3 336
  • 正文 我和宋清朗相恋三年,在试婚纱的时候发现自己被绿了。 大学时的朋友给我发了我未婚夫和他白月光在一起吃饭的照片。...
    茶点故事阅读 39,965评论 1 348
  • 序言:一个原本活蹦乱跳的男人离奇死亡,死状恐怖,灵堂内的尸体忽然破棺而出,到底是诈尸还是另有隐情,我是刑警宁泽,带...
    沈念sama阅读 35,684评论 5 347
  • 正文 年R本政府宣布,位于F岛的核电站,受9级特大地震影响,放射性物质发生泄漏。R本人自食恶果不足惜,却给世界环境...
    茶点故事阅读 41,295评论 3 329
  • 文/蒙蒙 一、第九天 我趴在偏房一处隐蔽的房顶上张望。 院中可真热闹,春花似锦、人声如沸。这庄子的主人今日做“春日...
    开封第一讲书人阅读 31,894评论 0 22
  • 文/苍兰香墨 我抬头看了看天上的太阳。三九已至,却和暖如春,着一层夹袄步出监牢的瞬间,已是汗流浃背。 一阵脚步声响...
    开封第一讲书人阅读 33,012评论 1 269
  • 我被黑心中介骗来泰国打工, 没想到刚下飞机就差点儿被人妖公主榨干…… 1. 我叫王不留,地道东北人。 一个月前我还...
    沈念sama阅读 48,126评论 3 370
  • 正文 我出身青楼,却偏偏与公主长得像,于是被迫代替她去往敌国和亲。 传闻我的和亲对象是个残疾皇子,可洞房花烛夜当晚...
    茶点故事阅读 44,914评论 2 355

推荐阅读更多精彩内容

  • 一、配置数据库 二、创建模型   模型定义中支持的数据类型 三、对数据库进行CRUD操作 3.1 增加数据 a. ...
    MW演员阅读 652评论 0 0
  • 好久没有读书,也没有写过文字。想想最后一本读的,是东野圭吾的《白夜行》。读完了不开心,压抑。 怎么最近看到的都是令...
    yyjwr阅读 81评论 0 1
  • 在过去, 闷了, 就会燃一支烟, 美其名曰, 享受寂寞; 在过去, 累了, 就会饮一杯酒, 美其名曰, 享受孤独;...
    LFC生命如夏花一样灿烂阅读 532评论 0 3
  • <HeapSort>简单选择排序的改进:减少第i趟排序比较的次数。对排序的关键:建堆和调整堆。建堆的过程:第1趟将...
    里里角阅读 212评论 0 0
  • 前几天下班,和同事一起回去。 路上,他问我,你还记得刚毕业时的梦想么? 2010年冬天,那时候的我还没毕业,拿着一...
    张胤laji92454阅读 245评论 0 0