太和二十三年四月，元恪即位，是为宣武帝，共在位十六年。
宣武帝在位期间，夺取了南方的军事要地汉中和寿春，注定了南北军事上强弱攻受的态势再无翻盘的机会。
但在北方和西北，传统的军镇密集区和职业军人最多的地方，却进入了长期无仗可打的和平期。这意味着，他们失去了获得军功从而实现阶级跃迁的机会，当然经济利益的损失就更不必提。同时，由于王朝的进一步汉化和重视文治，越来越多的官职开放给华夏士人。经过时间的酝酿和发酵，这逐渐演变为帝国的一场危机，并最终导致了帝国的分崩离析。
太和二十年，元恪还不到十四岁，他目睹生母被刺。随后，他又亲历了小冯被废，皇太子元恂先被废黜再被处死，然后操纵这一切的大冯也走上了覆灭的道路。
这样的经历，注定了他只相信自己身边的人，还有他母族的亲人。
宣武帝首先要对付的，就是他父亲孝文帝给他安排的六位辅政大臣。尽管六大臣一开始就死的死，退的退，但宣武帝的两位叔父咸阳王元禧和北海王元详依然位高权重。为此，他身边的人联系了与元禧不和的禁军统帅领军将军于烈，在礿祭的日子，控制了对他威胁最大的三位皇室诸王，咸阳王禧、彭城王勰、北海王详，完成权力交接后才放他们回家，并于同一天公布了自己亲政的诏书。
公元五零一年，元禧因不满宣武帝而密谋谋反，事泄被赐死。
公元五零四年，元详被废为庶人，随后死于关押他的太府寺。
公元五零八年，元勰被逼饮毒酒而死。
宣武帝对自己的弟弟同样戒心甚重，他四个弟弟，一个被杀，一个软禁，另两个也处于严格监督之下。
有史家认为，皇帝的弟弟们被有预谋地杀掉，是因为他们本有兄终弟及的传统。皇帝在感受到来自他们的威胁时，自然会先下手为强。
这些显赫一时的王公倒台后，权势转移到了宣武帝宠幸的近侍和母族手上。《魏书》给出身低微，因皇帝宠信而飞黄腾达的人立有《恩倖传》，其中宣武帝一朝占比最重。
至于他的母舅高肇，终宣武帝一朝宠幸不衰，却也不得不背上诸多骂名，将宣武帝刻薄宗室那些事，全推给了高肇，他自然也成了那些人的眼中钉。
