生信轻松发Neuron,AD病毒假说再减分

发不出文献,就来做文献的搬运工!

本篇文献:

Allnuttet al., Human Herpesvirus 6 Detection in Alzheimer’s Disease Cases and Controlsacross Multiple Cohorts,Neuron(2019),https://doi.org/10.1016/j.neuron.2019.12.031

来自1区14分+的Neuron。本以为生信的文章好发,果然可以发到这个水平;本以为生信的文章图都很炫,到了这个层次还是返璞归真的严肃成了这个样子:

心中顿时冒出了一种我上我也行的感觉(其实还是不行)。

文章筛选了118种病毒,分析了711个人类大脑组织的数据,当然都是从数据库来的数据:MSBB(syn3157743)和ROSMAP(syn3388564)。使用RNA-seq和ddPCR的手段来处理这些来之不易的人类脑组织以及相关DNA数据。

是的你没看错,是DNA数据。同时,在很多同学还在烦恼于qRT-PCR,甚至是RT-PCR的时候,作者已经可以熟练的使用ddPCR了(高大上的第三代),生信分析的优势再加上传统实验室中冗杂的实验操作,所以人家能发到这里呢,同辈就只能低分灌水了。(简书关于RNA-seq的文章好多,各位大神介绍的很详细,有兴趣的可以去找找)

通过一系列的数据分析得到的结论是:人疱疹病毒6(HHV-6)跟阿尔茨海默症(AD)没有强关联。好吧,扑朔迷离的AD发病机制继续扑朔迷离,而病毒假说要减分了......

高水平的文章,精髓自然在讨论部分,这篇文章的严谨也体现在此处:

嗯......“我们增加了争议,但不代表之前的研究不对”,真的是又客气又严谨,这个“indirect measures”就不过度解读了,咱也不懂有啥是direct measure。

本人不搞生信,自然了解不足,观点有片面之处,但毫无嘲讽之意,而且数据分析的知识还是要多多向专业人士学习的!想要攻克AD的难题,还是要多多合作~

疫情期间闲来无事,不让回到实验室的怀抱,只能蜗居学习先进的生产力了。

但愿世间人无病,何惜架上药生尘

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