生物菌肥主要作用是其所添加的功能菌即有益微生物，这种肥料一方面是把土壤中现有的好的微生物让它长得更快，另外一方面把土壤中缺的这些好的微生物，想办法引进去，这里面所谓的好的微生物，就是指那些能够活化根际土壤养分和产生根系促生物质、降解有机污染物和转化无机污染物形态以及抵抗土壤中病原微生物入侵根系等有益微生物。这就是微生物菌肥的主要作用。一句话，土壤中有益微生物缺乏，有害微生物就越多，作物根系和土壤就容易得病，抵抗力差，这就是增施生物菌肥的原因。
需要强调的是：微生物是活性的，使用微生物菌肥要想达到理想效果，必须要保证“这些生物菌进入土壤之后能不能存活”，这其实和我们人类生存生长是一个概念，都是要吃饭的，而微生物也是需要吃东西才能生存，只有生存下来它们才能够繁殖！
那么微生物的粮食是什么呢？
答案是：有机质，微生物进入土壤的主要粮食就是有机质。
但，问题是目前我们的大多土壤中的缺的就是有机质，试想如果在土壤有机质极度匮乏的地块中使用生物菌肥，那么它的肥效就很难保障！
所以，使用菌肥首先要考虑补充土壤有机质，同样，有机肥和菌肥搭配使用效果好的说法，也是这么来的。
另外，考虑到微生物菌肥主要成分为生物活性菌，我们在使用过程中还需注意以下问题。
1、微生物见杀菌剂就死亡，生物菌肥不能与杀菌剂混合使用。
2、微生物见紫外线就死亡，避免在中午紫外线强的时候使用，建议早上或者下午和阴天使用，使用后要立即覆土。
3、微生物菌肥都是有保质期的，一般最多为2年，越接近保质期菌的活性越难保证，建议购买使用时要特别注意这一点。使用生产日期越近越好。
4、菌肥是一种活性菌，施用时必须埋于土壤中，不能撒施于地表。
5、开袋后的菌肥如果当天没有用完，一定要注意100%密封保存，以免活性菌挥发影响再次使用效果。
切记，微生物菌在土壤中赖以生存的条件是充足的有机质。
土壤中有足够的有机物或腐殖质时才能被微生物菌利用，进而使土壤微生物快速繁衍，激活营养元素。
而土壤微生物最显著的成效就是分解土壤有机质，比如作物的残根败叶和施入土壤中的有机肥料等，只有经过微生物的作用，才能腐烂分解，释放出营养元素，供作物利用，并形成腐殖质，改善土壤的结构和耕性。
同时微生物在自己的生活过程中，通过代谢活动的氧气和二氧化碳的交换，以及分泌的有机酸等有助于土壤粒子形成大的团粒结构，最终形成真正意义上的健康土壤。
话说回来，土壤中的有机质充足，加强了土壤有益微生物的活动，从而最大限度促使有机物分解转化，产生多种营养物质和刺激性物质，反过来又刺激微生物的生长发育，促进作物生长，最终达到增产增收的目的。
另外，这些通过筛选加入的有益功能性微生物在作物根系周围形成优势种群，抑制或拮抗土壤有害病原菌的生长繁殖，这就极大减轻了土壤及作物根系发生病害的程度，进而起到增加产量的作用。这也就是为什么增施“生物菌肥”可以改善土壤环境、提高作物病害，增加产量的原因。
