Biomamba生信基地全内容索引

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Biomamba生信基地扎根南京,专注生物信息学分析教学与科研。现平台能够提供并不仅局限于生信培训、科研讲座、个性化生信分析服务、服务器租售等方面的内容。欢迎各界人士的交流与合作,一同开启生物信息学之旅。

总有同学在添加我们时询问我们有哪些教程,这很难回答,毕竟我们光原创内容就有七百多篇。这里我们就顺势做一个现有内容的全内容索引,以后不定期更新,方便大家获快速获得自己需要的教程。当然,最好的方式还是按照自己的需求直接用关键词在公众号中检索

首先,我们更新过最多的内容还是单细胞教程

单细胞教程全收录

单细胞数据分析系列教程:

B站视频,先看一遍视频再去看推送操作,建议至少看三遍:

https://www.bilibili.com/video/BV1S44y1b76Z/

本公众号单细胞相关资料都可以在这里订阅:

scRNA-Seq学习手册Seurat V4修订版

scRNA-Seq学习手册Seurat V5更新版

scRNA-Seq学习手册Python版

scATAC分析学习手册

单细胞测序基础数据分析保姆级教程,代码部分整理在往期推送之中:

手把手教你做单细胞测序数据分析|1.绪论

手把手教你做单细胞测序数据分析|2.各类数据结构与读取方法

手把手教你做单细胞测序数据分析|3.单样本分析

手把手教你做单细胞测序数据分析|4.多样本整合

手把手教你做单细胞测序数据分析|5.细胞类型注释,从入门到入土

手把手教你做单细胞测序数据分析|6组间差异分析

手把手教你做单细胞测序数据分析|7基因集富集分析

Seurat中分类变量处理技巧

沉浸式统计细胞比例

Seurat中分类变量处理技巧

沉浸式统计细胞比例

单细胞图片改造计划:

改造单细胞降维图| 1.DimPlot的探索

改造单细胞降维图| 2.ggplot2中的DIY

改造单细胞降维图| 3.3D降维图与动图绘制

改造单细胞降维图| 4.一些造好的轮子

沉浸式统计细胞比例

改造单细胞FeaturePlot

VlnPlot用法及ggplot复现

VlnPlot的ggplot改造

SCENIC转录因子分析:

SCENIC单细胞转录因子预测|1.绪论

SCENIC单细胞转录因子预测|2.学习手册

SCENIC单细胞转录因子预测|3.软件安装与数据准备

SCENIC单细胞转录因子预测|4.精简版流程

SCENIC单细胞转录因子预测|5.step1+step2构建共表达网络与regulon

SCENIC单细胞转录因子预测|6.Step3 利用AUCell对Regulon评分

SCENIC单细胞转录因子预测|7.Step4 二元矩阵的计算与可视化

SCENIC单细胞转录因子预测|8.Step5 regulon聚类、分群、降维

SCENIC单细胞转录因子预测|9.下游探索

SCENIC转录因子调控网络图

上游fastq文件处理:

单细胞分析的最上游——处理Fastq文件:cellranger

单细胞分析的最上游——处理Fastq文件:dropseqRunner

Cellranger报错:Unable to distinguish between [SC5P-R2, SC3Pv2] ...

BD Rhapsody平台单细胞转录组定量流程

BD Rhapsody定量输出文件读取

细胞通讯

B站连续播放起来比较方便:

https://www.bilibili.com/video/BV1Ab4y1W7qx?p=1

往期推送

《细胞通讯》1.概论

《细胞通讯》2.1CellChat基础分析教程

《细胞通讯》2.2CellChat多组别分析

《细胞通讯》CellChat学习手册

CellChat空转细胞通讯合辑

SeekSpace细胞通讯分析

拟时序分析

B站连续播放起来比较方便:

https://www.bilibili.com/video/BV1br4y1x7Hf?p=1

往期推送

《拟时序分析》1.概论

《拟时序分析》2.monocle概论

《拟时序分析》3.monocle2实操:精简版拟时序

《拟时序分析》4.monocle2实操:完整版

单细胞测序数据进阶分析—《拟时序分析》5.初识monocle3

单细胞测序数据进阶分析—《拟时序分析》6.monocle3的降维、分群、聚类

单细胞测序数据进阶分析—《拟时序分析》7.monocle3的拟时序分析

解决monocle2的orderCells报错的两种方法

一文搞定拟时序分析的下游可视化探索

单细胞拷贝数变异

单细胞拷贝数变异学习手册

scATAC

scATAC分析学习手册

一文了解单细胞染色质及常见分析

一文了解染色质可及性和表观基因组调控

snATAC联合scRNA揭示小鼠肾脏细胞分化程序和疾病靶点

百万级单细胞多组学数据集成

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