Qiime1-13.菌群组成与指标相关性分析（自带命令及MaAslin）

你的metadata和你的菌群之间是否有关系呢？这一定会很多人关心的问题。本节我们就来讨论如何探究菌群组成和metadata中指标之间的相关性。

metadata和菌群之间是否有关系呢？为了回答这个问题，我们可以使用Qiime1中提供的observation_metadata_correlation.py命令，查看你metadata文件中的指标与OTU之间是否存在相关性，是正相关还是负相关。

具体的命令如下，其中-s可以选择包括spearman在内的pearson, kendall, cscore方法。

observation_metadata_correlation.py \
-i otu_table.biom \
-o correlation_results.txt \
-m mapping_file.txt \
-c DaysSinceExperimentStart \
-s spearman

MaAslin

当然除了自带的方法我们还可以使用其他方法，比如MaAslin。MaAslin是一个非常实用的进行多元统计分析的工具。比如当你发现抽烟、喝酒对你的菌群结果会产生影响，而你只关注疾病对菌群的影响，你就要把抽烟喝酒对菌群的影响剔除，那怎么办呢？MaAslin就可以帮助你，具体的可以见：http://huttenhower.sph.harvard.edu/maaslin

MaAslin

安装 Install

下载QIIME-to-Maaslin至你的Home文件夹

# Download qiimetomaaslin to your HOME folder
wget -P ~/ https://bitbucket.org/biobakery/qiimetomaaslin/downloads/qiimetomaaslin.zip
# Decompress the package
unzip ~/qiimetomaaslin.zip

下载Maaslin至你的Home文件夹

# Download MaAslin to your HOME folder
wget -P ~/ https://bitbucket.org/biobakery/maaslin/downloads/Maaslin_0.0.4.tar.gz
# Decompress the package
tar -xvf ~/Maaslin_0.0.4.tar.gz

安装其他依赖的包

# install required python packages
pip install blist
pip install biopython

# Install the package and dependencies
R CMD INSTALL  ~/Maaslin_0.0.4.tar.gz

使用 Usage

将BIOM文件转化成Text文件

# Convert OTU table to txt
biom convert \
-i otu_table.biom \
-o otu_table.tsv \
--to-tsv \
--header-key taxonomy

创建修改Mapping文件

如果你是在Excel中编辑的Mapping文件，那么你必须以Windows-Formatted.txt文件形式存储一个表格，否则可能会报错。

合并metadata和OTU丰度表

python ~/qiimetomaaslin/src/qiimeToMaaslin.py \
otu_mapping_filtered.txt < otu_table.tsv > maaslin_input.pcl

运行MaAslin

下面是一个最基础关于分析相关性代码，关于如何剔除其他因素的影响，将会在之后具体讲解。

Rscript ~/Maaslin_0.0.3/R/Maaslin.R \
--lastMetadata 13 \
--fdr 0.05 \
maaslin_input.pcl \
maaslin_output

最后编辑于：2018.12.10 11:07:30