不时,我们手上会拿到一些进化树或聚类树文本,往往是 newick 格式,比如
(((A,B),C),(D,E));
其中记录了不同单元的关系远近。可视化进化树,可以让我们更直观地进行分析。可选的软件有很多,但其中最简单便捷的,那么是 Figtree。
Figtree 的安装与配置
Figtree 是一个 Java 软件,只要系统环境中可以找到 JVM ,那么就可以直接执行。
相关程序安装包已上传过到公共仓库,请自行下载。
进入
Figtree
文件夹解压对应zip压缩包即可
找到可执行文件,双击即可运行
Figtree 的简单使用
直接从File 菜单导入进化树,可以导入前述构建的 AtARF.pep 的 NJ 树。
剩余内容调整其他
一般按照自己需要进行摸索即可,实际并不需要什么教程
写在最后
figtree 或许是目前我见过最简单简洁的进化树可视化软件,没有太多废话,自然也没有那么丰富的功能。有时候,核心功能就够用了。
当然,主要原因是,这个软件本身其实只是配套来可视化另一个软件的进化树输出结果。我想,作者真没把这个软件当回事,但是这个软件,真的好用。
至于共享软件仓库,请参考
https://tbtools.cowtransfer.com/s/97e50e9f762d44