2021-05-26生信星球day6-木易

以下内容整理自生信星球

安装dplyr

options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")) 
options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/") 
install.packages("dplyr")
library(dplyr)

测试

test <- iris[c(1:2,51:52,101:102),]

dplyr五个基础函数

1.mutate(),新增列

mutate(test, new = Sepal.Length * Sepal.Width)
##   Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width    Species   new
## 1          5.1         3.5          1.4         0.2     setosa 17.85
## 2          4.9         3.0          1.4         0.2     setosa 14.70
## 3          7.0         3.2          4.7         1.4 versicolor 22.40
## 4          6.4         3.2          4.5         1.5 versicolor 20.48
## 5          6.3         3.3          6.0         2.5  virginica 20.79
## 6          5.8         2.7          5.1         1.9  virginica 15.66

2.select(),按列筛选

select(test,1)
##     Sepal.Length
## 1            5.1
## 2            4.9
## 51           7.0
## 52           6.4
## 101          6.3
## 102          5.8
select(test,c(1,5))
##     Sepal.Length    Species
## 1            5.1     setosa
## 2            4.9     setosa
## 51           7.0 versicolor
## 52           6.4 versicolor
## 101          6.3  virginica
## 102          5.8  virginica
select(test,Sepal.Length)
##     Sepal.Length
## 1            5.1
## 2            4.9
## 51           7.0
## 52           6.4
## 101          6.3
## 102          5.8
select(test, Petal.Length, Petal.Width)
##     Petal.Length Petal.Width
## 1            1.4         0.2
## 2            1.4         0.2
## 51           4.7         1.4
## 52           4.5         1.5
## 101          6.0         2.5
## 102          5.1         1.9
vars <- c("Petal.Length", "Petal.Width")
select(test, one_of(vars))
##     Petal.Length Petal.Width
## 1            1.4         0.2
## 2            1.4         0.2
## 51           4.7         1.4
## 52           4.5         1.5
## 101          6.0         2.5
## 102          5.1         1.9

3.filter()筛选行

filter(test, Species == "setosa")
##   Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width Species
## 1          5.1         3.5          1.4         0.2  setosa
## 2          4.9         3.0          1.4         0.2  setosa
filter(test, Species == "setosa"&Sepal.Length > 5 )
##   Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width Species
## 1          5.1         3.5          1.4         0.2  setosa
filter(test, Species %in% c("setosa","versicolor"))
##   Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width    Species
## 1          5.1         3.5          1.4         0.2     setosa
## 2          4.9         3.0          1.4         0.2     setosa
## 3          7.0         3.2          4.7         1.4 versicolor
## 4          6.4         3.2          4.5         1.5 versicolor

4.arrange()

arrange(test, Sepal.Length)#默认从小到大排序
##   Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width    Species
## 1          4.9         3.0          1.4         0.2     setosa
## 2          5.1         3.5          1.4         0.2     setosa
## 3          5.8         2.7          5.1         1.9  virginica
## 4          6.3         3.3          6.0         2.5  virginica
## 5          6.4         3.2          4.5         1.5 versicolor
## 6          7.0         3.2          4.7         1.4 versicolor
arrange(test, desc(Sepal.Length))#用desc从大到小
##   Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width    Species
## 1          7.0         3.2          4.7         1.4 versicolor
## 2          6.4         3.2          4.5         1.5 versicolor
## 3          6.3         3.3          6.0         2.5  virginica
## 4          5.8         2.7          5.1         1.9  virginica
## 5          5.1         3.5          1.4         0.2     setosa
## 6          4.9         3.0          1.4         0.2     setosa

5.summarise():汇总

arrange(test, Sepal.Length)#默认从小到大排序
##   Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width    Species
## 1          4.9         3.0          1.4         0.2     setosa
## 2          5.1         3.5          1.4         0.2     setosa
## 3          5.8         2.7          5.1         1.9  virginica
## 4          6.3         3.3          6.0         2.5  virginica
## 5          6.4         3.2          4.5         1.5 versicolor
## 6          7.0         3.2          4.7         1.4 versicolor
arrange(test, desc(Sepal.Length))#用desc从大到小
##   Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width    Species
## 1          7.0         3.2          4.7         1.4 versicolor
## 2          6.4         3.2          4.5         1.5 versicolor
## 3          6.3         3.3          6.0         2.5  virginica
## 4          5.8         2.7          5.1         1.9  virginica
## 5          5.1         3.5          1.4         0.2     setosa
## 6          4.9         3.0          1.4         0.2     setosa

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