使用clusterprofile进行富集分析

使用clusterprofile进行富集分析

1、前期如何提取所需的基因序列，可以参考这篇文章的最后

转录组分析——STAR+RSEM+Deseq2

2、所需要的文件（主要需要gene_id和logFC这两列）如何进行布置和处理，主要参考下面这篇文章

clusterProfiler|GSEA富集分析及可视化 - 腾讯云开发者社区-腾讯云

3、clusterprofile中主要有两种模式，具体怎么设置参数及使用ggplot等可以参考下面这篇文章

[富集分析] 2、clusterprofile富集分析--上游分析

[富集分析] 3、clusterprofile富集分析--下游可视化

中间会有一些小问题，可以采用在R中一行行输入，然后比对的方法进行解决。

附

bitr可以转换的几种类型

R包clusterProfiler: 转换ID、GO/KEGG富集分析

富集分析中支持的几种格式，但不建议用“SYMBOL”，剩余两种是很好的。

统计 | 结合clusterProfiler理解GO富集分析

把ensemble小数点后几位取消掉的方法

awk 'BEGIN{OFS="\t"} {gsub(/[:.:].+/,"",$1); print $0}' 1.txt > 2.txt

去除基因id后的小数点信息

最后编辑于 ：
©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者
平台声明：文章内容（如有图片或视频亦包括在内）由作者上传并发布，文章内容仅代表作者本人观点，简书系信息发布平台，仅提供信息存储服务。

推荐阅读更多精彩内容