升级R版本及安装包

前言：
主要归纳R版本升级策略，笔者只应用了策略2，其他参考自网络资料和同行经验

1. 传统R版本升级：

参考资料：https://www.cnblogs.com/Acceptyly/p/4424408.html

1. 下载并安装最新版本R，例如R=3.5.1
2. 手动下载原先已安装的所有包，耗时费力且容易遗漏；
   替代方案
   升级R版本后，若重新安装所有的package将非常麻烦，可以尝试运行一下程序

# 在旧版本中的R中运行
> --run in the old version of R setwd("C:/Temp/")  #注意要在C盘中新建Temp文件夹 packages <- installed.packages()[,"Package"] save(packages, file="Rpackages")
# 在新版本中的R运行
> --run in the new version  setwd("C:/Temp/")  load("Rpackages")  for (p in setdiff(packages, installed.packages()[,"Package"]))  install.packages(p) 
运行新版本将发现所有原有Package可以在新版中运行

2. Windows用户如何无痛升级R

参考Y叔微信公众号教程 biobabble教程
参考链接：https://mp.weixin.qq.com/s/6_L6mlWpEkESIwrToG5Iug
这种升级策略的强大之处就在于，在R中更新R，可以直接迁移已经安装好的R packages，做到无痛升级，是不是很厉害！

> install.packages("installr")
> require(installr)
> updateR()
#依次弹窗提示：
1. 提示有最新版本
2. 最优化更新R是从Rgui，而不是RStudio，是否要去Rgui，点击“否”
3. 是否拷贝Rpackages到最新版本的R中，点击“yes” #如图001.png
4. 拷贝所有的R包到新包中，点击“no”将从R旧版本中移除所有的R包，点击“yes”

001.png

开始下载最新版本R，并拷贝所有已经下载的R包

Installation status:  TRUE . Removing the file:
 C:\Users\ADMINI~1\AppData\Local\Temp\RtmpMJyW5n/R-3.5.1-win.exe 
 (In the future, you may keep the file by setting keep_install_file=TRUE) 
----------------------- 
I am now copying  196  packages from: D:/BIOLOG~1/R/R-3.5.0/library  ; into:  D:/BIOLOG~1/R/R-3.5.1/library----------------------- 
===================== 
Done. We finished copying all the packages to the new location
[1] TRUE

下载后提示打开最新版本的R，
我们可以在RStudio中选择挂载的不同版本，如图002.png

002.png