1. apt-get安装velvet软件

sudo apt-get install velvet#apt-get安装velvet
velveth#测试是否安装成功

不过这要求你有sudo的密码。

屏幕截图 2022-10-04 205901.png

2.velvet的运行安装

velveth velvet_out 31 -shortPaired -fastq -separate /disk1/shares/Seqs/test_7942raw_1.fq.gz /disk1/shares/Seqs/test_7942raw_2.fq.gz#step 1: velveth接受输入的文件，产生一个hash表；生成两个文件：Sequences和Roadmaps
velvetg velvet_out -exp_cov auto -cov_cutoff auto -very_clean yes
#Step 2: velvetg进一步组装基因组

屏幕截图 2022-10-04 215630.png

屏幕截图 2022-10-04 215603.png

最后Final表明运行状况

3.源代码编译安装velvets

cd ~/Biosofts/#新建个目录再放个velvet，用来比较kmer值对velvet组装结果
wget https://github.com/dzerbino/velvet/archive/refs/heads/master.zip
tar zvxf /disk1/shares/velvet_1.2.10.tgz -C ~/Biosofts/#解压文件
cd ~/Biosofts/velvet_1.2.10/
make 'CATEGORIES=10' 'MAXKMERLENGTH=127' 'LONGSEQUENCES=1'  'OPENMP=1' 'BUNDLEDZLIB=1'
./velveth -h

参数详解

CATEGORIES=10：输入10 groups of short reads 。根据原始数据相应增减该值的大小；值越大，耗内存越大.
MAXKMERLENGTH=127：最大的Kmer长度127。
LONGSEQUENCES=1：当contigs长度超过 32kb 长的时候，需要设置该值。
OPENMP=1：多线程运行.
BUNDLEDZLIB=1： velvet默认使用系统自带的zlib，如果系统没有zlib，则需要加入该参数来使用velvet源码包中的zlib.

屏幕截图 2022-10-04 220239.png

4.比较不同kmer值对velvet组装结果的影响

nano kmerselection.sh #nano编译器编译
#输入如下代码
################################
#!/bin/bash

Data1=/disk1/shares/Seqs/test_7942raw_1.fq.gz
Data2=/disk1/shares/Seqs/test_7942raw_2.fq.gz
Velvet_dir=~/Biosofts/velvet_1.2.10

for k in `seq 23 8 127`;do
    mkdir velvet$k
    $Velvet_dir/velveth velvet$k $k -shortPaired -fastq -separate $Data1 $Data2
    $Velvet_dir/velvetg velvet$k -exp_cov auto -cov_cutoff auto -very_clean yes

 done
############################
chmod u+x kmerselection.sh#加个可执行权限
./kmerselection.sh#运行文件进行比较

直接粘贴代码，存在空格或换行变成“？”，删去即可。
Ctrl+x,退出nano,按Y确认，再确认是否修改文件名，enter退出。

屏幕截图 2022-10-04 172943.png

Velvet安装与运行