下载sratools：
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下载Toolkit：进入下面的网址，选择适合自己的版本下载，在服务器上，我下载的第一个（https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software）。
img
解压安装：
二进制文件，解压配置环境后就能用。注意：该工具下载后会在家目录下自动建一个ncbi的目录。
#tar -zxvf 文件名
tar -zxvf sratoolkit.2.10.9-centos_linux64.tar.gz
配置环境：
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最好先pwd先查看自己的具体路径，避免出错，配置好之后可以 用fastq-dump查看一下是否路径添加成功.
$ cd sratoolkit.2.10.9-centos_linux64 bin
$ pwd
/home/xiaotangyuan/sratoolkit.2.10.9-centos_linux64/bin
$ echo 'export export PATH=$PATH:/home/xiaotangyuan/sratoolkit.2.10.9-centos_linux64/bin' >> ~/.bash_profile
$ source ~/.bash_profile
$ cd sratoolkit.2.10.9-centos_linux64/bin
$vdb-config -i
$ which fastq-dump
/home/xiaotangyuan/sratoolkit.2.10.9-centos_linux64/bin/fastq-dump
1. prefetch下载数据
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单个数据下载
$ prefetch SRR1234567 ... -
批量数据下载
获取Accession List：
进入NCBI的SRA数据库输入SRP号：
$ prefetch --option-file SraAccList.txt
#下载完成后，文件被存储在默认目录：/home/usr/ncbi/public/sra/
#放在后台
nohup prefetch -O . $(<SRR_Acc_List.txt) &
2. wget 下载
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单个数据下载
获取下载地址：
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img
$ wget https://sra-download.ncbi.nlm.nih.gov/traces/sra60/SRR/005361/SRR5489805
正在解析主机 sra-download.ncbi.nlm.nih.gov (sra-download.ncbi.nlm.nih.gov)... 130.14.250.24, 130.14.250.25, 130.14.250.28
正在连接 sra-download.ncbi.nlm.nih.gov (sra-download.ncbi.nlm.nih.gov)|130.14.250.24|:443... 已连接。
已发出 HTTP 请求，正在等待回应... 200 OK
长度：3491558416 (3.3G) [application/octet-stream]
正在保存至: “SRR5489805.1” 0% [ ] 646,937 188KB/s 剩余 5h 1m
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批量数据下载
获取下载地址：在Send to下选择Runinfo而不是Accession List：
获取批量下载的地址
然后把这些下载地址保存在一个新的文件中：
然后利用wget -i 文件 直接下载（放入后台不中断下载：nohup cmd &）：
$ nohup wget -i download_path.txt &
[1] 30328
#nohup: 忽略输入并把输出追加到"nohup.out"
3.本人用的方法
我的文件中只有SRA号，如下：
zzzzzz.jpg
setwd("/sibcb1/bioinformatics/wangjiahao/hope/siqi")
source("/sibcb2/bioinformatics2/wangjiahao/code/MyTreasures.R")
Anno = read.table(file = "SRA.txt", header = TRUE, sep = "\t", stringsAsFactors = FALSE)
SRXID = Anno[, 1]
Ns = length(SRXID)
targetFolder = "NCBI_SRA"
setwd(targetFolder)
done = list.files()
SRXID %in% done
#打开多个shell界面进行下载
# for(i in 1:15){
# for(i in 16:30){
# for(i in 31:45){
# for(i in 46:60){
# for(i in 61:75){
# for(i in 76:84){
for(i in 74:75){
SRX = SRXID[i]
cat("Processing", i, SRX, "\n")
if(!dir.exists(SRX))
dir.create(SRX)
setwd(SRX)
#因为家目录出现问题导致自己下载的sratools不能使用，也不能添加环境变量，所以使用绝对路径
runFTP = system(paste("/sibcb2/bioinformatics2/wangjiahao/software/sratoolkit/bin/srapath", SRX), intern = TRUE)
runID = sapply(strsplit(runFTP, "/"), function(z) z[length(z) - 1])
if(length(runFTP) == 0)
next
for(j in 1:length(runFTP)){
sra = paste0(runID[j], ".sra")
cmd = paste("wget -c", runFTP[j], "-O", sra)
system(cmd)
}
setwd("../")
}
#稍微忽略
prefetch -t ascp -a "/sibcb1/bioinformatics/wangjiahao/.aspera/connect/bin/ascp|/sibcb1/bioinformatics/wangjiahao/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh" --option-file SRR_Acc_List.txt -O NCBI_SRA_raw
下载.sra数据后转化为fastq文件
#fasstq-dump也是sratools的一个工具
for f in *.sra
do
nohup fastq-dump --split-3 $f &
done
本文参考：https://www.jianshu.com/p/f37a9a87d463
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