enrichment plot
第一部分富集曲线：
- 富集分数（ES）的升降原理
纵坐标的富集分数（Enrichment Score, ES）反映基因集中基因在排序列表中的分布趋势：
ES > 0：基因集的基因显著集中在实验组上调部分（排序列表左侧）。
ES < 0：基因集的基因显著集中在实验组下调部分（排序列表右侧）。
ES为何有升有降？
ES的波动本质是基因集中基因的分布密度变化：
当排序列表中出现连续密集的基因集成员时，ES会快速上升（如左图峰值）。
当基因集成员分布稀疏或中断时，ES逐渐回落。
关键结论：最终关注的是ES是否显著偏离0（通过NES和FDR判断）。
plot中间部分
- 中间黑色竖线条的意义
图中的黑色竖线标记了基因集中所有基因在排序列表中的具体位置。
如果黑线密集出现在左侧（高log2FC区域），说明这些基因在实验组中普遍上调。
若集中在右侧（低log2FC区域），则提示基因集在实验组中被抑制（下调）。
- 排序逻辑与实验组/对照组方向
排序依据：基因按log2FC从高到低排列（左→右）。
左侧：log2FC最高的基因（实验组最显著上调）。
右侧：log2FC最低的基因（实验组最显著下调，即对照组上调）。
实验组默认在左：因为log2FC = log2(实验组/对照组)，正值对应实验组高表达。
plot底部Metric图
- 底部Metric图的解读
底部曲线显示排序基因的Signal2Noise（S2N）或log2FC值：
S2N公式：
S2N = （μ实验组 − μ对照组）/ （σ 实验组+ σ对照组）
μ：基因在组内的平均表达值。
σ：基因在组内的标准差（反映表达波动）。
S2N > 0：实验组表达更高（上调基因）。
S2N < 0：对照组表达更高（实验组下调基因）。
log2FC图：直接展示对数倍变化值，正值=上调，负值=下调。
总结
ES方向决定通路激活/抑制状态，波动反映基因集分布密度。
黑色竖线是基因集成员的“定位标记”。
排序列表的左右对应实验组/对照组的表达趋势。
底部Metric图辅助验证基因差异的可靠性（推荐结合S2N和log2FC）。
