广州事定，刘裕与刘穆之商议如何伐蜀，刘裕道：“谯纵据蜀，必引姚兴为援，我当断其臂膀，方可图之。”
刘穆之道：“我当卑辞厚礼结好于秦，然后出兵伐蜀。”
刘裕哼了一声道：“大可不必，桓氏余孽逃至长安，南乡之地，姚兴乘我内乱而取之，今当一并索之。”
刘穆之大惊道：“主公，万万不可，四面树敌，取死之道也。”
刘裕微笑道：“我强，示敌以弱，我弱，示敌以强，虚实之间，神鬼莫测。”
刘穆之不语，却是满脸忧愁。
时刘裕诛桓玄，迎复安帝，桓玄卫将军、新安王桓谦，临原王桓怡，雍州刺史桓蔚，左卫将军桓谧，将军何澹之等投奔姚兴。
姚兴于东堂接见诸人，见到何澹之，不觉莞尔一笑道：“何公去而复返，长安有牵挂之人乎？”
何澹之脸色一红道：“陛下礼佛好儒，当世仁君，澹之等穷困来投，奈何取笑？”
姚兴敛容正色道：“适才朕有失言，望何公海涵。何公历仕孝伯（王恭字）、南郡（桓玄爵位），以为刘裕何许人也？”
何澹之思索片刻道：“刘裕起自寒微，以千人而灭一国，若论武功，当世罕有其匹。而其崇尚节俭，法令威行，朝野肃然，士民悦之，若一朝得志，必为一代雄主。”
姚兴闻之，慨叹道：“此亦一劲敌也。”
未几，刘裕遣参军衡凯之前来拜见姚兴，请通和，道：“臣闻桓氏余孽藏匿于秦，请陛下交与微臣，带回京师，明正典刑。晋南乡诸郡，世为晋土，秦乘桓玄之乱夺之，为两国和好计，并请归还。”
姚兴召集心腹大臣议之，其叔姚绍道：“桓氏诸人留之无用，可遣还建康，结好于晋。南乡之地不可与之，若晋来夺，臣愿率大军拒之。”
姚兴摇摇头道：“我以儒道佛法立国，故四方豪杰来附。救人一命，胜造七级浮屠，彼等穷蹙来投，岂可送还死地。南乡深入晋国，孤悬境外，守之不易，不若送还，以结盟好。”
群臣咸谏以为不可，姚兴道：“谯纵叛晋，必结我为后援，待晋伐蜀，我可见机行事。今送还之，以安其心，日后所得，又岂止一区区南乡？”
众臣这才无话可说。
于是姚兴召见衡凯之道：“刘公起自寒微，以一己之力，而能诛除叛逆，兴复晋室，天下之善莫大于此。朕何惜数郡之地而不成其美乎！”遂割南乡、顺阳、新野、舞阴等十二郡归于晋。
晋国不费一刀一兵而得十二郡，刘裕因此在朝中声威大震，诸事莫敢不从。
毛修之有诛桓玄大功，当时安帝封其为骁骑将军，后入京师，刘裕因其为将门之后，又有殊功，故特为看重，频加荣爵。及其父毛瑾为谯纵所杀，毛修之泣血上奏，力请伐蜀。
于是刘裕表其为龙骧将军，配给兵力，遣令奔赴蜀中。又遣益州刺史司马荣期及文处茂、时延祖等西讨谯纵。
义熙二年（公元406年）正月，司马荣期击谯明子于白帝城，大破之。毛修之亦率军进至宕渠（今四川渠县），眼看要会攻成都。然司马荣期与参军杨承祖有隙，一时气盛道：“今且饶尔一命，待克成都后再议。”
杨承祖大骇，夜半乘司马荣期不备，入帐杀之，谎称荣期谋反，自己奉旨行事。遂领其军。
杨承祖自称镇军将军、巴州刺史率兵攻击毛修之，毛修之不敌，。退保白帝城，杨承祖自下攻之，不拔，毛修之使参军严纲等收兵众，严守城池，两军对峙，相持经年。
义熙三年（公元407年），汉嘉太守冯迁（杀桓玄者）率兵来会毛修之军，从后袭击杨承祖，当场斩之。
时荆州刺史魏咏之病卒，刘道规继任，又遣奋武将军原导之领千人，受毛修之节度。毛修之遣原导之与振武将军张季仁引兵俱进，欲攻取成都。
时任益州刺史鲍陋（曾任海盐令，与刘裕共讨孙恩）不肯进讨，毛修之赴京师上表道：“臣闻在生所以重生，实有生理可保。臣之情地，生途已竭，所以未沦于泉壤，借命于朝露者，以日月贞照，有兼 映之辉，庶凭天威，诛夷仇逆。自提戈西赴，备尝时难，遂使齐斧停柯，狡竖假息。诚由经路有暨，亦缘制不自己。抚影穷号，泣望西路。益州刺史陋始以四月二十九日达巴东，顿白帝，以俟庙略。可乘之机宜践，投袂之会屡愆。臣虽效死寇庭，而 理绝救援，是以束骸载驰，诉冤象魏。昔宋害申丹，楚庄有遗履之愤，况忘家殉国，鲜有臣门，节冠风霜，人所矜悼。伍员不亏君义，而申包不忘国艰，俟会伫锋，因时乃发。今臣庸逾在昔，未蒙宵迈之旗，是以仰辰极以希照，眷西土以洒泪也。公私怀耻，仰望洪恩，岂宜遂享名器，比肩人伍。求情既所不容，即实又非所继，但以方仗威灵，要须综摄，乞解金紫宠私之荣，赐以鹰扬折冲之号。臣之于国，理无虚请。自臣涉道，情虑荒越，疹毒交缠，常虑性命陨越，要当躬先士卒，身驰贼庭， 手斩凶丑，以摅莫大之衅。然后就死之日，即化如归，阖门灵爽，岂不谢先帝于玄宫。”
刘裕览表后，对刘穆之叹息道：“修之一门忠烈，死于非命，不报此仇，誓难心安。”
刘穆之道：“伐蜀事大，鲍陋不通军事，当别遣大将总军。”
刘裕道：“万寿（刘敬宣字）将门虎子，有大将之才，不可久处下僚，令其总揽全军，伐蜀建功。”
刘穆之摇头道：“毛修之欲雪家仇恨，万寿为报知遇恩，令此二人领军，必会操切急进，难以建功。请主公另选贤能。”
刘裕为成全刘敬宣建立功业，遂不从，只留毛修之于京师，乃命冠军将军刘敬宣假节，监征蜀诸军事，于义熙四年（公元408年）率众五千伐蜀，并领文处茂、时延祖诸军诸道并进。
七月，刘敬宣既入三峡，遣巴东太守温祚以二千人出外水，自率益州刺史鲍陋、辅国将军文处茂、龙骧将军时延祖由垫江转战而前。
谯纵求救于秦，遣使称藩，并请桓谦相助，欲令顺流东下荆楚。姚兴招来桓谦询问，桓谦泣下道：“臣门著恩荆楚，从弟桓玄后虽篡位，皆是情势所逼，人神共鉴。今臣与谯纵东下，百姓自会赢粮影从，荆楚可一鼓而定。”
姚兴看了看他道：“朕闻小水不容大舟，若谯纵才力足以济事，亦不假君为鳞翼。此去蜀中，宜自求多福。”
桓谦跪下叩头道：“多谢陛下厚爱，臣在此处，徒耗岁月，不若放手一搏。”
姚兴见他去意甚坚，遂遣之。
桓谦至蜀，欲虚怀引士，谯纵疑之，与左右道：“桓谦欲行先主（刘备）之事乎？”乃将桓谦等软禁于龙格。
桓谦向诸弟泣道：“秦主真神人也，不知我等何日脱此牢笼。”
诸弟抚慰之。
秦王姚兴并遣平西将军姚赏、南梁州刺史王敏将兵二万救蜀。
时刘敬宣军至黄虎，离成都五百里之遥。
谯纵手下大将辅国将军谯道福率众拒险，刘敬宣催兵急攻，大小十余战，相持六十余日，蜀军固守不敢出。晋军不得进。粮尽，军中疾疫流行，死者大半，刘敬宣仰天长叹道：“今日始知宣武（指桓温）伐蜀之难，恨我少一鼓吏耶。（桓温伐蜀将败，鼓吏误击前进鼓，晋军因此大胜。）”
谯纵见晋军死战不退，乃将毛璩一门死者灵柩，及其妻女、文处茂母何氏，并诸士人棺材，弃之江中，顺流而下，刘敬宣军见之颇为惊异，待打捞上岸，见之大哭，军心遂乱，不复能战，刘敬宣不得以，乃引军还。
因此役大败，死伤甚重，刘敬宣被免官，削封三分之一，荆州刺史刘道规以督统降号建威将军。
九月，刘裕以刘敬宣失利，请逊位，诏降为中军将军，开府如故。刘毅闻刘敬宣伐蜀大败，上表朝廷，欲以重法惩治敬宣，刘裕极力维护，何无忌对刘毅道：“我知你与万寿有隙，然朝廷已有旨，奈何逼迫甚急，必以私憾伤至公！"刘毅无语乃止。
刘裕经此一事，更是深恨刘毅，再加上此前中枢人事变动，刘毅从中取事，二刘遂从此决裂。
