Mapchart不仅能绘制高密度连锁群，还能标注QTL、绘制LOD变化曲线、不同图谱共线性比较等
功能齐全，使用简单。这次我主要学习的是用Mapchart在染色体上标记出多个基因位点。和遗传连锁图的画法差不多(header行中chrom, group的区别)。
1. 下载安装
软件下载网址：https://www.wur.nl/en/show/Mapchart.htm
两个文件都要下载。第一个是安装程序，安装好之后能得到MapChart文件夹，可执行文件就在里面。第二个是license file压缩包，解压出来是MapChart.lic，在安装好mapchart之后还需要将MapChart.lic拷贝到MapChart文件夹下面。
之后mapchart就能运行了。
2. 画图
File -> New创建新工作界面
在Data界面下输入带格式的数据，点Chart画图
;开启注释行. 以下用的物理坐标, 单位为Mb
chrom chr1 S=0 E=594.102056
L1 100 BIU S30 C2 ;B I U分别表示粗体, 斜体, 下划线, 可组合着选; S设置字体大小; C设置颜色，值为2-11
L2 200 C4
segments ;区段高亮
220 280 C10
;其余染色体及基因位置的设置同上
3. 调整
锤子
通过2. 可以得到上面的图，其仍需要按照要求更改。
- 画布调为纵向，并给画布加点背景颜色
- 添加一个标题
- 图片中所有的字体改为Times New Roman
- 染色体名称与染色体柱之间的距离设小一点, 染色体柱的长宽度
- 不显示距离，改为添加一个标尺
- 使图片居于画布的中间
5.不显示距离，改为添加一个标尺
1.画布调为纵向，并给画布加点背景颜色
6.使图片居于画布的中间
2.添加一个标题
3.图片中的字体改为Times New Roman
4.染色体名称与染色体柱之间的距离设小一点, 染色体名称字体, 染色体柱的长宽度
4. 保存
菜单栏Chart -> Print
5. 连锁图
Data格式与上面是类似的, 画法和调整方法与上面相同
group 1B
start 0
a 0 c1
b 590.5 c2
......
end 689.85187
group 1D
......
6. 还能画那些图
软件自带例子，File -> open可打开
例一
例二
例三
例四
例五
例六
