导读
前面介绍过网页版LEfSe的使用方法：用LEfSe寻找组间差异细菌。今天学习命令行版的LEfSe使用。
bitbucket地址：https://bitbucket.org/biobakery/biobakery/wiki/lefse
一、测试数据
数据地址：http://huttenhower.sph.harvard.edu/webfm_send/129
数据格式：第一行是样品名，接着是丰度表
二、conda安装
conda install -c biobakery lefse
三、格式化输入数据
format_input.py hmp_aerobiosis_small.txt hmp_aerobiosis_small.in -c 1 -s 2 -u 3 -o 1000000
参数：
-c [1..n_feats] set which feature use as class (default 1)
-s [1..n_feats] set which feature use as subclass (default -1 meaning no subclass)
-o float set the normalization value (default -1.0 meaning no normalization)
-u [1..n_feats] set which feature use as subject (default -1 meaning no subject)
四、LEfSe分析
上一步格式化结果作为lefse输入数据
run_lefse.py hmp_aerobiosis_small.in hmp_aerobiosis_small.res
五、可视化：LDA结果柱形图
lefse分析结果作为可视化输入数据
plot_res.py hmp_aerobiosis_small.res hmp_aerobiosis_small.png
六、可视化：进化树图
lefse分析结果作为可视化输入数据
plot_cladogram.py hmp_aerobiosis_small.res hmp_aerobiosis_small.cladogram.png --format png
