这里是佳奥！我们又开始了新的分析流程学习。

与ChIP-Seq相似，ATAC-Seq也是通过染色质片段来进行表观相关的分析。

我们先来看一下分析流程吧。

1 数据分析概述

1.1 原始数据质控

Trim galore

去除线粒体、PCR重复。

1.2 ATAC-Seq数据质量评估

ChIPQC：一个R包，可以给出多个质量评估度量值

IDR: 样本内的重复性检测，合并一致性peaks

1.3 注意基因组的黑名单（重复序列，微卫星序列）

1.4 call peaks注意

ATAC-Seq关心的是在哪切断，断点才是peak的中心，所以使用shift模型，--shift -75或-100

1.5 peaks相关

DiffBind：一个R包，基于DESeq2、edgeR方法鉴定样本间的差异peak

注释：Y叔的ChIPseeker 包

motif分析：Homer，Meme等在线工具

2 分析流程软件

sra-tools
fastqc，multiqc，trim_galore

参考基因组及注释文件: https://www.encodeproject.org/references/ENCSR425FOI/

bowtie，bowtie2，bwa，注意参数
MACS2，注意参数

可重复性统计指标https://www.encodeproject.org/atac-seq/

deeptools
meme/homer motif
annotation(R包，ChlPpeakAnno, ChIPseeker)

下一篇我们开始复现文章数据的实战学习。

我们下一篇再见！