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单细胞谱系分化高级算法2021.02.14今天收集了三个与谱系分化有关的单细胞高级算法：MAGIC（2018 Cell），PHATE（2019 NBT），Palant...
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科研日常效率工具小结前段时间做了一次分享，整理了一下自己觉得好用的一些科研效率工具。其中有一大半都来自思考问题的熊学长和Jimmy老师的推荐，在此感谢他们。（文末有...
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R语言常用画图函数小结
最近一段时间在用R语言画图，小结一下常用的画图函数。我只列个大纲，目的是要用的时候可以记起来用哪个函数画，然后去搜索相应的代码。 ggplot2...
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肿瘤免疫相关网页工具/数据库
这份提纲是为了《医学信息学》这门课的期末presentation准备的。因为自己前期收藏了一些数据分析的网页工具，所以就顺手整理了一下，和大伙儿...
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字符串计算长度&取子集 - stringr
如何把字符串中的数字和字母分开 最近一位小伙伴向我求助：如何把title这一列中的数字和字母分成两列？ 这个我也不会的，但是可以想想办法。因为字...
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快速读取大文件 - vroom
有时我们需要将一个大文件读入R，比如单细胞表达矩阵。使用vroom这个R包可以节约不少时间。 官方文档：Get started with vro...
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如何下载感兴趣的基因集（GO数据库）
需求：下载DNA损伤修复相关的基因列表。 第一步 搜索数据库 进入GO (Gene Ontology) 数据库网页 http://geneont...
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如何构建表达矩阵——RNAseq中游分析
中游分析这个词是我杜撰的，用来强调表达矩阵构建过程并不简单。 0 前言 前几天Jimmy老师发了一篇 我用这个技能一杯咖啡的功夫就挣了800块钱...
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如何用脚本来写脚本——Linux批量循环
以前在Linux写循环时都用 ls * | while read id ; do command line $id ; done 的结构，这种方...