Newick格式是进化树最为普遍的储存格式,为方便研究人员更好地对newick格式的文件进行操作,2010年,来自瑞士生物信息学研究所(Swiss Institute of Bioinformatics)的Thomas Junier 和Evgeny Zdobnov共同开发了一套名为Newick Utilities的Linux Shell环境下对newick格式树文件的处理和编辑工具。其操作简单,功能强大,容易上手。
下载地址为:https://github.com/tjunier/newick_utils
或http://cegg.unige.ch/newick_utils
或直接使用conda下载
conda install newick_utils
1.可视化树(nw_display)
直接画出树图
nw_display mammals.nwk
2. 统计基本情况(nw_stats)
nw_stats treename