用R语言进行差异化分析:可自定义选取指定数据分别进行分析

一.读取excel文件

library(readxl)#加载包,无法加载就安装
a<-read_excel("123.xlsx")#注意要把数据文件放在你打开的R-project目录下,不然读取不到
同一种基因在四种癌症中的表达量

二.选取指定数据进行分析

该表中含有四种癌症,假设我们的目的是对肝癌和乳腺癌的差异性进行两两分析,首先我们需要选取出表中肝癌和乳腺癌的数据

这就涉及到一个问题:怎么在文档中取出需要的子集

[ , ]的意思为对行列进行取子集操作,前为行后为列,空白处输入的内容就是对行列进行的限定条件,从而选出需要的行列

c=a[1,]#数字意思为取第1行
c=a[c(1,2),]#想取几个行时,数字意思为取第1,2行
c=a["x",]取某个名字叫X的行
c=a[c("x","y"),]取名字叫"x""y"的两行
c=a[a$癌症类型=="肝癌",]#找出某一列中含有某个元素的某行
c=a[a$癌症类型=="肝癌"|a$癌症类型=="肺癌",]#想设置多个条件,用或或而且(R语言中表示或者使用|;表示并且使用&
;表示否使用!)#此句意义为取出癌症类型这一列的数据中是肝癌和肺癌的这些行,运行此条之后出现如下结果
取出了为肝癌和肺癌的数据,现在C数据文件中就只含有肝癌和肺癌了

三.对选取出来的数据进行差异化分析

library(ggstatsplot)
ggbetweenstats(c, x=癌症类型, y=gene)
#加载R包后利用R包画图,该图以癌症类型列数据为X轴,gene列数据为Y轴
#此处有一个小技巧R包中的函数不用自己手打输入,根据说明书中的案列复制
Rplot01.jpeg

最后

感谢jimmy的生信技能树团队!
感谢导师岑洪老师!
感谢健明、孙小洁,慧美等生信技能树团队的老师一路以来的指导和鼓励!
最后编辑于
©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者
  • 序言:七十年代末,一起剥皮案震惊了整个滨河市,随后出现的几起案子,更是在滨河造成了极大的恐慌,老刑警刘岩,带你破解...
    沈念sama阅读 216,125评论 6 498
  • 序言:滨河连续发生了三起死亡事件,死亡现场离奇诡异,居然都是意外死亡,警方通过查阅死者的电脑和手机,发现死者居然都...
    沈念sama阅读 92,293评论 3 392
  • 文/潘晓璐 我一进店门,熙熙楼的掌柜王于贵愁眉苦脸地迎上来,“玉大人,你说我怎么就摊上这事。” “怎么了?”我有些...
    开封第一讲书人阅读 162,054评论 0 351
  • 文/不坏的土叔 我叫张陵,是天一观的道长。 经常有香客问我,道长,这世上最难降的妖魔是什么? 我笑而不...
    开封第一讲书人阅读 58,077评论 1 291
  • 正文 为了忘掉前任,我火速办了婚礼,结果婚礼上,老公的妹妹穿的比我还像新娘。我一直安慰自己,他们只是感情好,可当我...
    茶点故事阅读 67,096评论 6 388
  • 文/花漫 我一把揭开白布。 她就那样静静地躺着,像睡着了一般。 火红的嫁衣衬着肌肤如雪。 梳的纹丝不乱的头发上,一...
    开封第一讲书人阅读 51,062评论 1 295
  • 那天,我揣着相机与录音,去河边找鬼。 笑死,一个胖子当着我的面吹牛,可吹牛的内容都是我干的。 我是一名探鬼主播,决...
    沈念sama阅读 39,988评论 3 417
  • 文/苍兰香墨 我猛地睁开眼,长吁一口气:“原来是场噩梦啊……” “哼!你这毒妇竟也来了?” 一声冷哼从身侧响起,我...
    开封第一讲书人阅读 38,817评论 0 273
  • 序言:老挝万荣一对情侣失踪,失踪者是张志新(化名)和其女友刘颖,没想到半个月后,有当地人在树林里发现了一具尸体,经...
    沈念sama阅读 45,266评论 1 310
  • 正文 独居荒郊野岭守林人离奇死亡,尸身上长有42处带血的脓包…… 初始之章·张勋 以下内容为张勋视角 年9月15日...
    茶点故事阅读 37,486评论 2 331
  • 正文 我和宋清朗相恋三年,在试婚纱的时候发现自己被绿了。 大学时的朋友给我发了我未婚夫和他白月光在一起吃饭的照片。...
    茶点故事阅读 39,646评论 1 347
  • 序言:一个原本活蹦乱跳的男人离奇死亡,死状恐怖,灵堂内的尸体忽然破棺而出,到底是诈尸还是另有隐情,我是刑警宁泽,带...
    沈念sama阅读 35,375评论 5 342
  • 正文 年R本政府宣布,位于F岛的核电站,受9级特大地震影响,放射性物质发生泄漏。R本人自食恶果不足惜,却给世界环境...
    茶点故事阅读 40,974评论 3 325
  • 文/蒙蒙 一、第九天 我趴在偏房一处隐蔽的房顶上张望。 院中可真热闹,春花似锦、人声如沸。这庄子的主人今日做“春日...
    开封第一讲书人阅读 31,621评论 0 21
  • 文/苍兰香墨 我抬头看了看天上的太阳。三九已至,却和暖如春,着一层夹袄步出监牢的瞬间,已是汗流浃背。 一阵脚步声响...
    开封第一讲书人阅读 32,796评论 1 268
  • 我被黑心中介骗来泰国打工, 没想到刚下飞机就差点儿被人妖公主榨干…… 1. 我叫王不留,地道东北人。 一个月前我还...
    沈念sama阅读 47,642评论 2 368
  • 正文 我出身青楼,却偏偏与公主长得像,于是被迫代替她去往敌国和亲。 传闻我的和亲对象是个残疾皇子,可洞房花烛夜当晚...
    茶点故事阅读 44,538评论 2 352

推荐阅读更多精彩内容

  • 春节假期接近尾声,民众返程高峰遭遇雨雪等恶劣天气,近两日多地高速接连发生多起车祸,让春节假期蒙上悲伤的思绪。 2月...
    朱海洋_6667阅读 586评论 0 0
  • 文/七七 越来越喜欢晒太阳了,总是在闲暇的下午坐在操场上晒着太阳,暖暖的。 今天的心情有点复杂,中午跟爸爸通了个电...
    七七丫头1阅读 558评论 6 4
  • 没有约到小伙伴,可是我确定此行, 虽不是很远的旅程,可相对意义上讲, 确是我第一次独自的旅行。 一开始,我问领队农...
    小吖小肥羊阅读 622评论 14 8
  • 越来越多的人开始喜欢发布自己的照片,而不是文字。 越来越多的人总是抱怨时运不济,而不是想着如何努力。 越来越多的人...
    疯停了语顿了阅读 133评论 1 1
  • 生活是一盏小小的灯,有亮的时候也会有暗的时候,这主要取决于你面对生活的状态,是精力充沛呢还是精疲力尽?不可否认,当...
    慢慢完美阅读 278评论 0 3