从EGA下载数据

安装客户端

使用pip：

sudo pip3 install pyega3

使用conda：

conda config --add channels bioconda
conda install pyega3

配置

在客户端要运行的目录下创建一个名为CREDENTIALS_FILE的文件，使用JSON格式，参考如下：

{
        "username": "my.email@domain",
        "password": "mypassword",
        "client_secret":"AMenuDLjVdVo4BSwi0QD54LL6NeVDEZRzEQUJ7hJOM3g4imDZBHHX0hNfKHPeQIGkskhtCmqAJtt_jm7EKq-rWw"
}

模板可以点击这里下载。

填入EGA用户名和密码，密码不是必需的，如果没有填入程序运行时会要求输入。

运行

USAGE:
pyega3 [-h] [-d] -cf CREDENTIALS_FILE [-c CONNECTIONS] {datasets,files,fetch} ...

Download from EMBL EBI's EGA (European Genome-phenome Archive)

positional arguments:
  {datasets,files,fetch}
                        subcommands
    datasets            List authorized datasets
    files               List files in a specified dataset
    fetch               Fetch a dataset or file

optional arguments:
  -h, --help            show this help message and exit
  -d, --debug           Extra debugging messages
  -cf CREDENTIALS_FILE, --credentials-file CREDENTIALS_FILE
                        JSON file containing credentials
                        e.g.{'username':'user1','password':'toor'}
  -c CONNECTIONS, --connections CONNECTIONS
                        Download using specified number of connections      

常见操作

显示数据集

pyega3 -cf CREDENTIALS_FILE datasets

显示数据集文件

pyega3 -cf CREDENTIALS_FILE files EGAD00001000951 <output> 

下载数据集文件

pyega3 -cf CREDENTIALS_FILE fetch EGAD00001000951 <output>  

下载单个文件

pyega3 -cf CREDENTIALS_FILE fetch EGAF00000585895 <output> 

使用4个文本流下载文件或数据集

pyega3 -c 4 -cf CREDENTIALS_FILE fetch EGAF00001412793 <output> 

更多：

• https://ega-archive.org/download/downloader-quickguide-v3
• https://github.com/EGA-archive/ega-download-client

有不少读者问我怎么从 EGA 下载受限制数据，这个官网有明确的说明文档。

https://ega-archive.org/access/faq

流程在：https://ega-archive.org/access/data-access

最重要的一步是

有问题发邮件到下面的邮箱

helpdesk@ega-archive.org