获取基因组的bed、gtf注释文件

先来看一下常见的基因组注释格式

需要特别注意的是，bed的每一行记录是左闭右开区间，并且以0作为染色体的起始；而gtf的每一行记录是包括区间的两端的，并且以1作为染色体的起始。目前我接触到的几种含有位置的文件格式以及基因组浏览器中，只知道bed格式是以0开始的。

进入UCSC，在主菜单栏Tools中选择Table Brower

按照要求输入，导出即可

有时在一些站点下载参考基因组，也可以看到gtf, gff文件，直接下载也可以。如果大家有好的方法可以和我讨论呀，非常谢谢: )

最后编辑于：2018.12.05 11:36:06

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