问题描述:
bioconductor中的R包安装一般source
和biocLite
两步:
## try http:// if https:// URLs are not supported
source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
## biocLite("BiocUpgrade") ## you may need this
biocLite("clusterProfiler")
不知是家里的网速问题还是什么幺蛾子,安装bioconductor中的R包总是连接不上网站,不是镜像的问题,不管是https://
还是http://
都不行,单独进入bioconductor首页是可以的,就是有点慢。
办法:
biocLite是BiocInstaller的一个函数。我们安装的时候用的就是biocLite函数,biocLite.R脚本就是把BiocInstaller替我们安装并加载了。所以只要先安装上了BiocInstaller包就能调用biocLite函数来安装我想要的包了。
我先安装BiocInstaller包:
安装了半天,还是失败了,可能真是网络的问题。
于是我到bioconductor官网下载了BiocInstaller,手动在本地安装到Rstudio中,注意BiocInstaller的版本和R的版本依赖关系,我一开始下的3.8,而我的Rstudio版本是3.6,安装不了。重新下了个低版本的。
问题又来了,说加载时冲突了:
以为是没移除干净,又清除了一遍重新安装。最后BiocInstaller是安装上了,但biocLite函数安装R包还是要链接到bioconductor上去,网络不行的话还是装不上的。
哎,慢的要死。。。这种网站不翻墙不行
最终解决:
bioconductor在R3.5版本以后,已经更新(或者说舍弃了)source这种安装方式,改为BiocManager进行安装。if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("")用新的方法快且安全。
Ref:
http://www.360doc.cn/mip/794245943.html
http://www.360doc.com/content/18/0621/10/19913717_764069210.shtml