Day 3 linux环境下软件安装与卸载
下载miniconda
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百度搜索“miniconda 清华”,即可看到
image.png - 在登录Xshell，在服务器界面输入命令 uname -a，即可查看服务器位数，选择Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh (若为Windows或Mac系统，则根据需求选用即可)，用右键复制下载链接
- 在Xshell上进入biosoft目录，输入：
wget空格https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
安装 Miniconda
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bash 命令的意思为 进入子程序
在界面输入
bash Miniconda3-py38_4.9.2-Linux-x86_64.sh
回车
之后enter或yes,遵照教程输入进行安装
image.png -
激活
输入命令 source ~/.bashrc
image.png - 添加镜像
输入命令
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
应用conda
- 命令 conda list，意为查看服务器当前软件列表
- 命令 conda search空格软件名，意为搜索某个软件，如conda search fastqc，即为搜索 fastqc
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命令 conda install空格软件名，意为安装某个软件，如conda search fastqc -y,即为安装fastqc，-y此处表示后续yes/no的选择中均选择yes。如果不嫌麻烦，也可以不加-y.
image.png -
命令 conda remove空格软件名，意为卸载某个软件，如conda remove fastqc -y,即为卸载fastqc。
image.png
linux博大精深，目前只是摸了一下毛而已。
