从1983年美国培育出第一例转基因作物，到目前已经过去了30多年的时间，而关于转基因食品安全性的争议也一直没有停歇。
反对者对于转基因食品的抨击主要集中在以下几个方面：
一，毒性。转基因技术可以实现不同种属甚至不同类之间物种的基因转移，因此外源基因及其表达产物的安全性值得探讨。
二，过敏性。引入的基因片段或是其表达产物是否具有过敏性，是否与一些已知的过敏原存在同源序列。
三，抗生素的抗性。在基因工程中，转入基因的载体上常常含有抗生素抗性标记，这些抗生素抗性标记是否会整合入人体内病菌的遗传物质中，从而使它们获得耐药性，降低抗生素的效果。
四，多效性。由于在基因工程中转入基因时具有随机性，插入的位点不同可能会产生次生效应，可能会导致基因表达产物不能达到预期的效果，使得营养物质发生改变或营养效果下降。
面对这些质疑，转基因食品的支持者们的大致反应有如下几条：
一，转基因食品在人体内经过消化，其中的转入基因及其表达产物会分解成为一些小的片段或小分子物质（氨基酸及核苷酸等），因此不存在所谓的毒性。
二，转基因中的DNA在进入有微生物存在测小肠下段、盲肠及结肠之前就已经被降解为小片段甚至核苷酸，因此整合进入人体微生物遗传物质的概率微乎其微。即使未被完全分解且仍保留一部分遗传物质的功能，也很难经过一系列复杂的过程进入微生物细胞并与其遗产物质整合。
三，目前尚无直接的证据证明基因的多效性的产物对人体是有害的。
还有很重要的一点，1993年OECD提出的实质等同性原则，即如果某个新食品或食品成分与现有的食品或食品成分大体相同，那么他们是同等安全的。这条原则也成为支持者们的重要依据，但几年来该原则受到的批评也越来越多，很多人承认其存在概念不清，只注重结果而不注重过程等诸多缺陷。
就我个人来说，对于转基因食品的安全性仍持有保留态度，即转基因食品可能存在一些未发现的潜在的危害，但个人在日常生活中仍接受转基因食品。
因为目前双方争议的焦点集中在转基因食品中潜在的有害物质的影响经过人体消化系统的降解是否完全消失。以2015年的一项实验为例，实验根据手性D-氨基酸（DAA）形成机制对抗除草剂草甘膦和抗虫Bt蛋白转基因的食品安全性进行了评估，研究发现即使不考虑作物中高含量的草甘膦和抗虫Bt蛋白，只从DAA在转基因作物中相对的高含量及其毒理性效应来讲，该转基因作物的安全性是低于非转基因作物的。这也是对实质等同性原则的又一次质疑。
因此，在目前科学界对转基因食品的研究还不够充分的情况下，在生化、过敏学、免疫学或毒理学上对转基因食品的探讨还有很大的空间，转基因食品的安全性仍有待考证。
