生信地基系列--基因组坐标转换工具

经常会碰到不同的基因组assembly版本，如hg18, hg19, GRCh37, GRCh38等等,所以可以通过下面的工具进行转换
NCBI官方基因组坐标转换工具(一) - 简书 (jianshu.com)
NCBI官方基因组坐标转换工具(二) - 简书 (jianshu.com)

（1）Remap
Coordinate remapping service: NCBI (nih.gov)

(2) UCSC的 LiftOver

liftOver进行不同版本染色体位置转换 - 简书 (jianshu.com)

hg38Tohg19注释文件
hg19Tohg38注释文件

不需要解压
如果需要其他版本的注释文件，请见Sequence and Annotation Downloads，下载对应的liftOver注释文件即可。

Changing genomic coordinate systems with rtracklayer::liftOver (bioconductor.org)

wget [http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/liftOver](http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/liftOver)

(3)CrossMap

CrossMap 是用于不同组装(例如 hg18(NCBI36) < = > hg19(GRCh37))之间的基因组坐标转换的程序。它支持常用的文件格式，包括 BAM、 CRAM、 SAM、 Wiggle、 BigWig、 BED、 GFF、 GTF、 MAF VCF 和 gVCF。

What is CrossMap ? — CrossMap 0.6.0 documentation (sourceforge.net)

pip3 install CrossMap  #Install CrossMap supporting Python3
pip3 install CrossMap --upgrade        #upgrade CrossMap supporting Python3

pip2 install CrossMap  #Install CrossMap supporting Python2.7.*
pip2 install CrossMap --upgrade