Jupyter Notebook添加R内核设置默认路径

1.安装(使用Anaconda3安装)

用Anaconda3安装省事，上官网下载安装包，正常默认安装即可，不多说

官网链接

2.添加R内核

2.1安装Rtools(装过可跳过此步)

目的：为了后面的包安装成功

官网下载地址

安装完成后，打开RStudio输入以下代码（运行即可，我也不知道什么意思）

writeLines('PATH="${RTOOLS40_HOME}\\usr\\bin;${PATH}"', con = "~/.Renviron")

重启RStudio输入以下代码

Sys.which("make")

2.2安装IRkernel

install.packages("IRkernel")

2.3添加内核

从Rstudio(或RGui)找到R路径

R.home()
##[1] "D:/BIOINF~1/R-40~1.1"

随后在菜单中打开Anaconda Prompt

1.png

输入刚刚输出的路径，并进入bin，启动R.exe

cd /d "D:/BIOINF~1/R-40~1.1"
cd bin
R.exe

输入以下代码，name随便取，displayname是你内核在jupyter展现的名字

IRkernel::installspec(name = 'ir4.0.1', displayname = 'R 4.0.1')

注：如果要安装不同版本R内核，也是这个步骤，只是打开不同的R.exe进行创建内核

打开jupyter结果如下

2.png

3.设置默认路径

打开Anaconda Prompt输入

jupyter notebook --generate-config

结果

##(base) C:\Users\egg123>jupyter notebook --generate-config
##Writing default config to: C:\Users\egg123\.jupyter\jupyter_notebook_config.py

用notepad++打开这个文件，找到这一行

#c.NotebookApp.notebook_dir =

在后面的引号中输入想修改为的默认工作路径并删除前面的#并保存，效果如下

c.NotebookApp.notebook_dir = 'D:\\bioinformatics\\Jupyter'

创建一个新的jupyternotebook副本

3.png

方案一：右键属性在目标中找到%USERPROFILE%，并将它删除，在起始位置里，输入自己想存放文件的路径

4.png

方案二：删掉目标中的%USERPROFILE%并在后面添加上刚才设置好的默认工作路径

5.png

终：单纯记录一下