library(ggplot2)

library(reshape2)

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#画箱式图，这里我画的是基因表达样本的箱线图，首先导入数据，将数据调成行是基因名，纵是样本名，数据为各个基因在样本中的表达量

count = read.table("genecount.txt",header = T)

rownames(count) = count[,1]

count = count[-1]

#去掉在所有样本中表达量为0的基因

count = count[which(rowSums(count)>0),]

#melt函数是对数据框进行转化，variable.name和value.name是设置转化后的列名，具体效果建议实操看一下

count = melt(count,variable.name = "sample",value.name = "value")

# 取log2值让数据更集中

count$value = log2(count$value+1)

#data是要画图的数据，一个数据框，后面ase里的x和y分别代表画图时的横坐标和纵坐标，fill=sample指按照样本来填充颜色即不同的样本使用不同的颜色

p <- ggplot(data = count,aes(x=sample,y=value,fill=sample))

#theme是给图添加样式，第一个是设置横坐标的显示形式，旋转90度，即竖着显示。后面两个参数是设置横纵坐标的名字

p1 <- p + geom_boxplot() + theme(axis.text.x = element_text(angle = 90)) + xlab(NULL) + ylab("log2(COUNT+1)")

p1

出来的结果是这样的（坐标信息不方便让大家看到，就遮掉了）