已有高通量的结果,如何根据chip-seq或者cut tag结果设计引物
测序可以知道蛋白结合DNA的位点(DNA序列的起始位置)
1.首先通过UCSC获得特点位置的DNA序列
选择hg38的基因组
输入序列位置
即可获得DNA序列
2.通过DNA序列设计引物
BLAST: Basic Local Alignment Search Tool (nih.gov)
选择primer-blast
粘贴序列到PCR TEMPLATE,MAX选择250,C,G比例调节一下,其他按照正常设计引物来,get primer
利用UCSC-blast检测。选择in-silico pcr
选择TARGET,可选编码区和非编码区。
得到blast结果