介绍：

Shell 是一个用 C 语言编写的程序，它是用户使用 Linux 的桥梁。Shell 既是一种命令语言，又是一种程序设计语言。

Shell 是指一种应用程序，这个应用程序提供了一个界面，用户通过这个界面访问操作系统内核的服务。

Bash 是大多数Linux 系统默认的 Shell。

1、#!/bin/bash

#！ 告诉系统其后路径所指定的程序即是解释此脚本文件的 Shell 程序。它告诉系统这个脚本需要什么解释器来执行，将路径引用到解释器。Linux/Unix中有很多解释器，其中一些是：bash，zsh，sh，csh和ksh等(cat /etc/shells可查看系统中有哪些脚本解释器)

2、echo

echo 命令用于向窗口输出文本。

3、运行脚本的两种方法

作为可执行程序：

$ chmod 755 script.sh #chmod +x script.sh

$ ./script.sh

作为解释器参数：

/bin/sh  script.sh

4、变量名

变量名最好大写，使用变量时，在变量名前加$符号

5、条件判断

if [condition-is-true]    then    command    fi

if [condition-is-true]    then    command    elif [condition-is-true]    then    command    else    command    fi

case 语句

6、循环

for循环

while循环

7、通配符

*    一个或多个任意字符

?    匹配一个字符

[ ]    匹配括号内任意一个字符

[! ]    不匹配括号内任意一个字符

\    转义符

1>$LINE/bowtie2-build.log    1表示标准输出，>是重定向符，就是把前面输出的内容重定向到后面指定的位置

2>$LINE/bowtie2-build.message    2表示标准错误, 将标准错误定向到LINE文件夹下的bowtie2-build.message文件中，不输出错误信息

参考：

https://www.runoob.com/linux/linux-shell.html

https://www.jianshu.com/p/5568d311fb5a