使用aspera高速下载NCBI数据

在服务器上conda安装了aspera软件后,需要找到密钥的位置

$ which ascp 
~/software/mini/envs/RNA/bin/ascp
#这个是文件安装位置
#但其实在RNA/etc文件夹下存在asperaweb_id_dsa.openssh这个密钥
##地址就是/work/home/algroup01/software/miniconda/envs/RNA/etc
服务器上敲
cd software/miniconda^H^H^H^H^H/envs/RNA/etc
1695823014105.png

然后新的问题就是,我必须要去openssh这个文件夹才能下,其他文件夹下绝对路径调用也不行,不知道为什么

数据 SRA Explorer查询

1693185633197.jpg

如图,注意进入etc文件夹后,直接把密钥改成自己的

ascp -QT -l 300m -P33001 -i asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:vol1/fastq/SRR135/016/SRR13579716/SRR13579716.fastq.gz . && mv SRR13579716.fastq.gz SRR13579716_GSM5050374_Input_DNA_Mus_musculus_ChIP-Seq.fastq.gz

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