reconstructor：兼容 COBRApy 的自动重建基因组级代谢模型工具

最近小编在Nature Microbiology读到一篇文章，用了这个工具，比较感兴趣，于是学习分享一下啦！看到的文章是这个，研究生殖道微生物的，也是一个微生物领域的研究热点啦。

reconstructor的安装和使用测试

软件基于KEGG注释，从带注释的氨基酸FASTA文件自动构建GENRE的工具，其主要原理如下图所示：

安装和避坑

安装的命令是比较简单的，普通的Python模块的Pip安装即可：
pip install reconstructor
无奈由于大家知道的开源软件的各种依赖陷阱，以及不太留好的国内网络环境，特别是github,处理了好一阵才解决。当然现在有AI agent的支持，解决问题轻松许多了，在咱人类的主导下，AI加持，处理问题就事半功倍了，前提是，现阶段咱得清楚AI做得对不对。
遇到的问题，python -m reconstructor --test yes --cpu 16这个命令会触发两个自动下载：

• 1. DIAMOND 二进制（~28MB，https://github.com/bbuchfink/diamond/releases/download/v{version}/diamond-linux64.tar.gz）
• 2. DIAMOND 数据库 screened_kegg_prokaryotes_pep_db.dmnd（~1.6GB， https://github.com/emmamglass/reconstructor/releases/download/v0.0.1/screened_kegg_prokaryotes_pep_db.dmnd）

前面一个还好说，比较小。数据库下载速度奇慢，各种中断，于是使用github镜像，AI试了多个镜像都不给力，于是我手动下载给到了AI，然后继续完成的。
DB 文件放好后，测试运行报错：

subprocess.CalledProcessError: Command '[...diamond, blastp, ...]'
died with <Signals.SIGSEGV: 11>.
reconstructor.errors.DiamondProcessError: Test 1 failed with an error

发现是diamond版本和数据库版本不兼容，于是替换了其版本，终于解决。
详细原因是数据库是用 diamond ~2.1.8（2022年8月同期版本）构建的。Diamond 2.1.14 对该旧版 DB 格式有回归 bug，在 alignment 输出阶段段错误。GitHub release notes 也显示 v2.1.21 修复了 "potential segmentation fault"。解决方案是下载 diamond v2.1.8 替换 2.1.14：

# 下载 v2.1.8（GitHub CDN 这次很快，3.4 MB/s）
aria2c -x16 -s16 -o diamond-2.1.8.tar.gz \
  "https://github.com/bbuchfink/diamond/releases/download/v2.1.8/diamond-linux64.tar.gz"

# 替换二进制
rm /path/to/reconstructor/bin/diamond
tar xzf diamond-2.1.8.tar.gz -C /tmp/diamond218
cp /tmp/diamond218/diamond /path/to/reconstructor/bin/diamond
chmod +x /path/to/reconstructor/bin/diamond
python -m reconstructor --test yes --cpu 16
# 终于成功
Using DIAMOND v2.1.8 at /path/to/reconstructor/bin/diamond
Performing test 1 ... ✓ (672 reactions, 761 metabolites)
Performing test 2 ... ✓ (672 reactions, 761 metabolites)
Performing test 3 ... ✓ (903 reactions, 938 metabolites)

运行

先看看有什么选项python -m reconstructor -h:

# 下载测试序列
 wget https://ghfast.top/https://github.com/csbl/reconstructor/blob/main/tests/resources/tiny_fasta.fa
#运行，最简单的方式
python -m reconstructor --input_file tiny_fasta.fa --file_type 1 --gram negative --media rich --cpu 36

Using Gram negative objective function
Using minimum objective flux fraction of 0.01 and maximum fraction of 0.5
Using 36 processor(s)

Loading GENRE construction databases...
[-----------------------------------------]
Aligning peptide sequences to KEGG database, may take some time...
Blast results will be saved to tiny_fasta.KEGGprot.out

blasting tiny_fasta.fa vs ~/miniconda3/lib/python3.12/site-packages/reconstructor/resources/screened_kegg_prokaryotes_pep_db.dmnd
finished blast
Creating draft GENRE from BLAST results...
Identifying new metabolism (Step 1 of 2)...
[-----------------------------------------]
{'rxn40643_c', 'rxn06043_c', 'rxn05232_c', 'rxn10271_c', 'rxn11355_c', ...
'rxn01423_c', 'rxn23808_c', 'rxn09472_c'}
Identifying new metabolism (Step 2 of 2)...
[-----------------------------------------]
        Draft reconstruction had 0 genes, 0 reactions, and 0 metabolites
        Gapfilled 253 reactions and 261 metabolites

        Final reconstruction has 253 reactions and 261 metabolites
        Final objective flux is 1000.0

Saving new GENRE to tiny_fasta.sbml

最后生成的是生成SBML格式的 GENRE。SBML 是一种 基于 XML 的表示格式，用于通信和 存储生物过程的计算模型。它可以 代表许多不同类别 的生物现象，包括代谢现象 网络、细胞信号通路、调控网络等，也可以用来可视化。
好的，今天就分享到这里啦，感谢您的观看，欢迎点赞、红心和转发！

参考

• Jenior ML, Glass EM, Papin JA. Reconstructor: a COBRApy compatible tool for automated genome-scale metabolic network reconstruction with parsimonious flux-based gap-filling. Bioinformatics. 2023 Jun 1;39(6):btad367. doi: 10.1093/bioinformatics/btad367. PMID: 37279743; PMCID: PMC10275916.
• Glass, E.M., Kolling, G.L. & Papin, J.A. Genome-scale metabolic modelling identifies vaginal microbiome members as potential probiotics. Nat Microbiol (2026). https://doi.org/10.1038/s41564-026-02380-w