如果估算的参数有100个，那么每进行一轮迭代，PEST要运行100次，如果参数有成千上万个的话，实际计算时间过程非常长甚至不可行。PEST中SVD-Assist和Parallel PEST就是为了减少运行计算时间而设置的。SVD-Assist选项识别方向模型中的不敏感参数、然后移除这些参数，Parallel PEST可以对模型进行并行计算从而加速模型计算过程。
SVD-Assist得以实现，其内部原理主要包含3个基本步骤：
- 1）为了计算矩阵，PEST首先为每个参数运行一次MODFLOW。计算的结果用来创建超参数，这些超参数来源于初始指定的参数集。
- 2）运行SVDAPREP来创建新的PEST控制文件。MODFLOW|Parameter Estimation——SVD-Assist Options下的选项是有关SVDAPREP的选项。其中最重要的选项是Specify # super param（默认是No），当这个选项为No时，写入到SVD文件中的信息将用来指定超参数的数量。
- 3）使用SVDAPREP写入的控制文件来运行PEST程序。这样，PEST在每次迭代时，模型运行次数会显著减小。PEST运行结束时，PAR文件包含的时超参数的值，而基础参数的值包含在BPA文件中，因此，导入最优参数值时，应选择 .bpa文件
当再次运行模型时，可以通过指定Jacobian和SVD文件，而让上述第1）步骤省去，具体方式为MODFLOW | Parameter Estimation——SVD-Assist Options——Specify Jacobian file——找到上次模型运行产生的文件路径+文件名（.jco文件），填入到Jacobian file path，找到文件路径+文件名（.svd文件），填入到SVD file path
