自清兵入关后，大明就节节败退，1658年南明政权随时都有可能被清军所灭，为了保全性命，朱由榔听从了马吉翔等人的建议，于1659年正月仓皇出逃到缅甸境内，希望在缅甸为大明强行续命。
朱由榔初到缅甸时受到了缅甸君臣的隆重接待，为大明皇帝提供膳食，永历的生活还可以。但是随着李定国在前线的战败，缅甸对永历的态度发生了微妙的变化，李定国为了解救永历，派兵进入缅甸，双方兵戎相见，1661年正月初六日，缅甸国王遣使者来到云南与清军交涉，提出以交出朱由榔为条件请清军合攻李定国所部明军。
1661年夏缅甸对永历开始下手，假意邀请大明众臣饮咒水结盟，实则安排三千伏兵。明廷也知道是个陷阱，但骑虎难下，不去更给了借口，再三商量之下，永历帝不去，只去42名大臣。
但是当这42名文武大臣在进入埋伏圈后，缅甸伏兵四起，大明忠臣惨遭杀害。随后缅兵冲进永历帝住处，烧杀抢掠，屠杀300多名随从，几十名宫女被奸杀，大明众臣全部被斩尽杀绝，大明皇帝最后客死他乡。
缅甸当局后来把万历皇帝的首级交给了清廷，以免引火烧身。不得不说永历朝廷流亡缅甸的决策并不明智，甚至可以说是一个非常致命的错误。自己的实力严重不足，根本无力对抗清兵回归中原，还想借缅甸之力，实在是有些痴人说梦了，但也实在是没有什么其他太好的办法了。
