linux下SRA-toolkitde 安装及使用
首先下载SRA-toolkit的代码包,使用wget
lisa@lisa-VirtualBox:~$ wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.9.6-1/sratoolkit.2.9.6-1-ubuntu64.tar.gz
得到tar.gz文件后使用tar zvxf命令解压
lisa@lisa-VirtualBox:~$ tar zvxf sratoolkit.2.9.2-ubuntu64.tar.gz
解压后输入~/sratoolkit.2.9.2-ubuntu64/bin/fastq-dump -h检验是否安装成功,出现Usage即为安装成功
lisa@lisa-VirtualBox:~$ ~/sratoolkit.2.9.2-ubuntu64/bin/fastq-dump -h
Usage:
/home/lisa/sratoolkit.2.9.2-ubuntu64/bin/fastq-dump [options] <path> [<path>...]
/home/lisa/sratoolkit.2.9.2-ubuntu64/bin/fastq-dump [options] <accession>
之后为软件配置环境变量
nano ~/.bashrc
在文本末输入export PATH=~/sratoolkit.2.9.2-ubuntu64/bin：$PATH
如图
1.PNG
再刷新配置文件
lisa@lisa-VirtualBox:~$ source ~/.bashrc
配置完环境变量后就可以在任何目录下使用了
lisa@lisa-VirtualBox:~$ fastq-dump -h
Usage:
fastq-dump [options] <path> [<path>...]
fastq-dump [options] <accession>
