在司令部沦陷后，2B和2S掩护着司令在司令部中杀出一条血路，面对曾经的队友，2B却不得不痛下杀手，好不容易到了停机场，当2B和9S打算带着司令离开的时，司令却拒绝离开。
司令眼里闪烁着诡异的红光，原来司令也已经被病毒感染了，时间紧迫，9S根本没有时间帮司令解决病毒，只能眼睁睁的看着司令与整个寄叶部队在寂静的太空站化作绚烂的烟花。2B和9S迫降后坠落在了不同的地点，整个故事的节奏也在这一刻进入完全不同的节奏，落到地面的2B发现自己在之前的战斗中也感染了病毒，自我保护程序完全没有作用，不断前进，却只能眼睁睁的看着感染进度一步步加深，最终倒在了9S的视野内，在残留意识的最后一刻，2B遇到了A2，她希望A2杀掉她，并接收她的记忆，故事开端的谜题也再次揭晓。2B的真实型号并不是2B，而是2E,2B的真实任务是监视9S，因为9S机型的特殊性，非常可能觉醒感情，也非常容易起疑心，进而知道整个计划的真相，每当9S有感情表现的时候，2B都会杀掉9S，重置9S的黑盒数据。所以2B和9S早已不是第一次见面，9S却一次又一次爱上2B，而当迫降的9S赶到2B身边的时候，看到的却是2B死在A2手中的那一刻......
A2在之后与9S的一次见面，告诉了9S真相，9S却表示哪又如何，与继承了2B记忆而对9S有着好感的A2不同，在9S眼中，A2只是杀掉2B的凶手，他对A2只有无尽的恨。
